problemas con rpy2, rpart pasar datos correctamente desde Python para r

Question

Estoy tratando de correr a través rpart RPY2 usando Python 2.6.5 y R 10.0.

crear una trama de datos en Python y pasarlo a lo largo pero me da un error que dice:

Error in function (x)  : binary operation on non-conformable arrays
Traceback (most recent call last):
  File "partitioningSANDBOX.py", line 86, in <module>
    model=r.rpart(**rpart_params)
  File "build/bdist.macosx-10.3-fat/egg/rpy2/robjects/functions.py", line 83, in __call__
  File "build/bdist.macosx-10.3-fat/egg/rpy2/robjects/functions.py", line 35, in __call__
rpy2.rinterface.RRuntimeError: Error in function (x)  : binary operation on non-conformable arrays

Puede alguien ayudarme a determinar lo que estoy haciendo mal para lanzar este error?

la parte pertinente de mi código es la siguiente:

import numpy as np
import rpy2
import rpy2.robjects as rob
import rpy2.robjects.numpy2ri


#Fire up the interface to R
r = rob.r
r.library("rpart")

datadict = dict(zip(['responsev','predictorv'],[cLogEC,csplitData]))
Rdata = r['data.frame'](**datadict)
Rformula = r['as.formula']('responsev ~.')
#Generate an RPART model in R.
Rpcontrol = r['rpart.control'](minsplit=10, xval=10)
rpart_params = {'formula' : Rformula, \
       'data' : Rdata,
       'control' : Rpcontrol}
model=r.rpart(**rpart_params)

Las dos variables cLogEC y csplitData son matrices numpy de tipo float.

Además, mis trama de datos es similar al siguiente:

In [2]: print Rdata
------> print(Rdata)
   responsev predictorv
1  0.6020600        312
2  0.3010300        300
3  0.4771213        303
4  0.4771213        249
5  0.9242793        239
6  1.1986571        297
7  0.7075702        287
8  1.8115750        270
9  0.6020600        296
10 1.3856063        248
11 0.6127839        295
12 0.3010300        283
13 1.1931246        345
14 0.3010300        270
15 0.3010300        251
16 0.3010300        246
17 0.3010300        273
18 0.7075702        252
19 0.4771213        252
20 0.9294189        223
21 0.6127839        252
22 0.7075702        267
23 0.9294189        252
24 0.3010300        378
25 0.3010300        282

y la fórmula se ve así:

In [3]: print Rformula
------> print(Rformula)
responsev ~ .

Answer 1

El problema está relacionado con código idiosincrásica R en rpart (para ser preciso, el bloque siguiente, en particular, la última línea:

m <- match.call(expand.dots = FALSE)
m$model <- m$method <- m$control <- NULL
m$x <- m$y <- m$parms <- m$... <- NULL
m$cost <- NULL
m$na.action <- na.action
m[[1L]] <- as.name("model.frame")
m <- eval(m, parent.frame())

).

Una forma de trabajo en torno a que es para evitar entrar en ese bloque de código (véase más adelante) o puede ser para construir una evaluación anidada de Python (de modo que se comporta parent.frame ()). Esto no es tan simple como es de esperar, pero puede ser que encontraré tiempo para que sea más fácil en el futuro.

from rpy2.robjects import DataFrame, Formula
import rpy2.robjects.numpy2ri as npr
import numpy as np
from rpy2.robjects.packages import importr
rpart = importr('rpart')
stats = importr('stats')

cLogEC = np.random.uniform(size=10)
csplitData = np.array(range(10), 'i')

dataf = DataFrame({'responsev': cLogEC,
                   'predictorv': csplitData})
formula = Formula('responsev ~.')
rpart.rpart(formula=formula, data=dataf, 
            control=rpart.rpart_control(minsplit = 10, xval = 10),
            model = stats.model_frame(formula, data=dataf))