Comment documenter S4 « [ » et « [<- » méthodes utilisant roxygen?

Question

Ci-dessous je posté un mini exemple dans lequel je veux faire la documentation d'écriture pour un procédé de “[“ pour une classe S4. Est-ce que quelqu'un sait comment documenter correctement une méthode de "[" générique utilisant roxygen et S4?
Je reçois un avertissement lors de la vérification du paquet après la construction (voir ci-dessous).

#' An S4 class that stores a string.
#' @slot a contains a string
#' @export
setClass("testClass", 
         representation(a="character"))

#' extract method for testClass
#'
#' @docType methods
#' @rdname extract-methods
setMethod("[", signature(x = "testClass", i = "ANY", j="ANY"),
         function (x, i, j, ..., drop){
             print("void function")
         }
)

Extrait de vérification du paquet:

* checking for missing documentation entries ... WARNING
Undocumented S4 methods:
  generic '[' and siglist 'testClass'
All user-level objects in a package (including S4 classes and methods)
should have documentation entries.
See the chapter 'Writing R documentation files' in manual 'Writing R Extensions'.

Answer 1

Au roxygen2> 3.0.0, vous ne contournements de travail de besoin et seulement besoin:

#' Extract parts of testClass.
#'
setMethod("[", signature(x = "testClass", i = "ANY", j="ANY"),
  function (x, i, j, ..., drop){
    print("void function")
  }
)

Answer 2

Je fini par comprendre plus ou moins. Au moins, il fonctionne maintenant:

#' An S4 class that stores a string.
#' @slot a contains a string
#' @export
setClass("testClass", 
     representation(a="character"))

#' extract parts of testClass
#'
#' @name [
#' @aliases [,testClass-method
#' @docType methods
#' @rdname extract-methods
#'
setMethod("[", signature(x = "testClass", i = "ANY", j="ANY"),
    function (x, i, j, ..., drop){
       print("void function")
    }
)

Answer 3

Pour ce qui vaut la peine de lui, dans le cas d'une fonction de remplacement, vous voulez quelque chose comme ce qui suit:

#' An S4 class that stores a list.
#' @export
    setClass("testClass", 
      representation(a="list"))

#' extract parts of testClass
#'
#' @name [
#' @aliases [,testClass-method
#' @docType methods
#' @rdname extract-methods
setMethod("[", signature(x = "testClass", i = "ANY", j="ANY"),
  function (x, i, j, ..., drop) {
     x@a[i]
  }
)

#' replace names of testClass
#'
#' @name [
#' @aliases [<-,testClass-method
#' @docType methods
#' @rdname extract-methods
setReplaceMethod("names", signature(x = "testClass", value = "ANY"), definition = function (x, value) {
  names(x@a) <- value
  x
})