Appliquer une liste de n fonctions à chaque rangée d'une trame de données?
Question
J'ai une liste de fonctions
funs <- list(fn1 = function(x) x^2,
fn2 = function(x) x^3,
fn3 = function(x) sin(x),
fn4 = function(x) x+1)
#in reality these are all f = splinefun()
Et j'ai dataframe:
mydata <- data.frame(x1 = c(1, 2, 3, 2),
x2 = c(3, 2, 1, 0),
x3 = c(1, 2, 2, 3),
x4 = c(1, 2, 1, 2))
#actually a 500x15 dataframe of 500 samples from 15 parameters
Pour chacun des i lignes, je voudrais évaluer la fonction j sur chacun des j colonnes et additionner les résultats:
unlist(funs)
attach(mydata)
a <- rep(NA,4)
for (i in 1:4) {
a[i] <- sum(fn1(x1[i]), fn2(x2[i]), fn3(x3[i]), fn4(x4[i]))
}
Comment puis-je faire cela efficacement? Est-ce une bonne occasion de mettre en œuvre des fonctions de plyr
? Si oui, comment?
question bonus: pourquoi est-a[4]
NA
Est-ce un bon moment pour utiliser les fonctions de plyr
, si oui, comment puis-je faire?
La solution
Ignorer l'extrait de code et coller à votre spécification initiale que vous souhaitez appliquer la fonction j sur le numéro de colonne j et « la somme des résultats » ... vous peut faire:
mapply( do.call, funs, lapply( mydata, list))
# [,1] [,2] [,3] [,4]
# [1,] 1 27 0.8414710 2
# [2,] 4 8 0.9092974 3
# [3,] 9 1 0.9092974 3
je ne savais pas de quelle façon vous voulez ajouter maintenant les résultats (à savoir rangée ou par colonne-sage), de sorte que vous pouvez soit faire rowSums
ou colSums
sur cette matrice. Par exemple:
colSums( mapply( do.call, funs, lapply( mydata, list)) )
# [1] 14.000000 36.000000 2.660066 8.000000
Autres conseils
Pourquoi ne pas simplement écrire une fonction pour tous les 4 et l'appliquer à la trame de données?
Toutes vos fonctions sont vectorisés, et ainsi est splinefun
, et cela fonctionne:
fun <- function(df)
cbind(df[, 1]^2, df[, 2]^3, sin(df[, 3]), df[, 4] + 1)
rowSums(fun(mydata))
Ceci est beaucoup plus efficace que « pourING » ou « application » sur les lignes.
J'ai essayé d'utiliser plyr::each
:
library(plyr)
sapply(mydata, each(min, max))
x1 x2 x3 x4
min 1 0 1 1
max 3 3 3 2
et il fonctionne très bien, mais quand je passe des fonctions personnalisées je reçois:
sapply(mydata, each(fn1, fn2))
Error in proto[[i]] <- fs[[i]](x, ...) :
more elements supplied than there are to replace
each
dispose d'une documentation très bref, je ne comprends pas tout à fait ce qui est le problème.