des nombres absolus aux proportions dans les données à deux niveaux (R! SAC? plyr?)

Question

J'ai des données imbriquées dans des niveaux:

L1 L2   x1 x2 x3 x4
A  This 20 14 12 15
A  That 11 NA 8  16
A  Bat  Na 22 13  9
B  This 10  9 11  6
B  That 3   3  1 NA
B  Bat  4  10  2  8

Maintenant, je veux quelque chose de simple - et j’ai le sentiment d’avoir pu le faire le mois dernier. Mais quelque chose a disparu dans ma tête: je veux des pourcentages (en ignorant NA), en additionnant à 100 pour chaque variable de la L1

L1 L2   x1  x2   x3   x4
A  This 65% 39%  36%  38%
A  That 35%  0%  24%  40%
A  Bat   0% 61%  40%  22%

Je peux obtenir les totaux dont j'ai besoin avec

cast(L1~variable, data=melt(d, na.rm=T),sum)

Mais je suppose qu’il devrait être possible de concocter une fonction qui me donne ce que je veux? J’ai essayé diverses approches avec casting et plyr ... Mais cela me semble que Noël a déjà apporté beaucoup de bières à mon cerveau frêle.

Toute aide sera appréciée, de même que toute abstention d’un vote négatif.

Merci

voici mes données:

d <- structure(list(level1 = structure(c(1L, 1L, 1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 
2L, 2L, 3L, 3L, 3L, 3L, 4L, 4L, 5L, 5L, 5L, 5L, 5L, 6L, 6L, 6L, 
6L, 6L, 7L, 7L, 7L, 7L, 8L, 8L, 8L, 8L, 8L, 10L, 10L, 10L, 10L, 
11L, 11L, 11L, 11L, 11L, 11L, 9L, 9L, 9L, 9L, 9L, 12L, 12L, 12L, 
12L, 13L, 13L, 13L, 13L, 13L, 13L, 14L, 14L, 14L, 14L, 14L, 14L, 
15L, 15L, 15L, 15L, 15L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 16L, 17L, 17L, 
17L, 17L, 17L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 18L, 19L, 19L, 19L, 19L, 
19L, 19L), .Label = c("a", "b", "c", "d", "e", "f", "g", "h", 
"i", "j", "k", "l", "m", "n", "o", "p", "q", "r", "s"), class = "factor"), 
level2 = structure(c(6L, 2L, 1L, 3L, 5L, 6L, 1L, 3L, 5L, 
6L, 1L, 3L, 5L, 6L, 5L, 6L, 1L, 3L, 5L, 4L, 6L, 2L, 1L, 3L, 
5L, 6L, 1L, 5L, 4L, 6L, 2L, 1L, 3L, 5L, 6L, 1L, 3L, 5L, 6L, 
2L, 1L, 3L, 5L, 4L, 6L, 2L, 1L, 3L, 5L, 6L, 1L, 3L, 5L, 6L, 
2L, 1L, 3L, 5L, 4L, 6L, 2L, 1L, 3L, 5L, 4L, 6L, 2L, 1L, 3L, 
5L, 6L, 2L, 1L, 3L, 5L, 4L, 6L, 2L, 1L, 3L, 5L, 6L, 2L, 1L, 
3L, 5L, 4L, 6L, 2L, 1L, 3L, 5L, 4L), .Label = c("This", "That", 
"Phat", "Bat", "Man", "Hat"), class = "factor"), X2002 = c(28L, 
9L, 17L, 8L, 95L, 18L, NA, NA, 36L, 40L, 15L, 10L, 71L, NA, 
14L, 25L, 18L, NA, 56L, 5L, 29L, 5L, 13L, 8L, 65L, 23L, 8L, 
34L, NA, 14L, 5L, 5L, NA, 51L, 18L, NA, 5L, 56L, 30L, 8L, 
9L, 11L, 77L, 5L, 53L, 12L, 16L, 13L, 114L, 30L, 8L, NA, 
52L, 38L, NA, 12L, 5L, 87L, 5L, 35L, NA, 10L, 6L, 92L, 10L, 
41L, NA, 22L, 8L, 115L, 27L, 6L, 9L, NA, 47L, 9L, 29L, 6L, 
11L, NA, 56L, 38L, 7L, 10L, NA, 93L, 6L, 22L, 9L, 9L, NA, 
59L, 5L), X2003 = c(32L, NA, 16L, 9L, 76L, 10L, NA, 5L, 24L, 
22L, 12L, 9L, 63L, 12L, 9L, 36L, 9L, 6L, 83L, 5L, 35L, NA, 
12L, 8L, 82L, 19L, 5L, 53L, 5L, 10L, NA, 7L, NA, 35L, 15L, 
6L, 6L, 40L, 30L, NA, 10L, 8L, 85L, 9L, 46L, NA, 14L, 9L, 
106L, 24L, 6L, 7L, 56L, 33L, NA, 12L, 9L, 106L, NA, 37L, 
7L, 11L, 8L, 79L, 5L, 54L, 5L, 10L, 6L, 100L, 25L, 9L, 5L, 
6L, 49L, NA, 31L, NA, 13L, 10L, 79L, 46L, NA, 14L, NA, 82L, 
5L, 21L, 7L, 11L, NA, 69L, NA), X2004 = c(35L, 6L, 13L, 8L, 
82L, 12L, 5L, NA, 35L, 34L, 5L, 6L, 75L, 9L, 9L, 40L, 13L, 
9L, 70L, NA, 41L, NA, 17L, 10L, 83L, 10L, 6L, 40L, NA, 18L, 
NA, 6L, NA, 34L, 10L, NA, NA, 45L, 38L, 6L, 11L, NA, 74L, 
NA, 45L, 5L, 12L, 9L, 131L, 34L, NA, NA, 64L, 28L, 5L, NA, 
NA, 93L, NA, 32L, NA, 9L, 11L, 99L, NA, 40L, NA, 18L, 8L, 
104L, 14L, NA, 13L, 6L, 67L, NA, 23L, NA, 6L, 8L, 85L, 49L, 
NA, 19L, 7L, 102L, NA, 28L, 5L, 7L, 7L, 74L, NA), X2005 = c(36L, 
NA, 20L, 10L, 93L, 22L, NA, NA, 35L, 38L, 13L, 9L, 99L, NA, 
14L, 48L, 17L, 7L, 70L, NA, 35L, NA, 13L, 9L, 103L, 16L, 
5L, 49L, NA, 12L, NA, 5L, 8L, 51L, 15L, 7L, 5L, 45L, 40L, 
NA, 12L, 5L, 102L, NA, 40L, NA, 21L, 16L, 141L, 25L, 9L, 
10L, 70L, 41L, NA, 10L, NA, 111L, NA, 37L, NA, 10L, 9L, 124L, 
NA, 37L, NA, 12L, 12L, 124L, 32L, NA, 16L, 6L, 45L, NA, 33L, 
NA, 8L, NA, 101L, 51L, NA, 19L, 5L, 117L, NA, 17L, NA, 11L, 
5L, 73L, NA), X2006 = c(38L, NA, 22L, 13L, 103L, 15L, NA, 
7L, 44L, 39L, 11L, 6L, 95L, NA, 15L, 53L, 16L, 9L, 89L, NA, 
41L, NA, 12L, 13L, 87L, 30L, 6L, 43L, NA, 14L, NA, 6L, 5L, 
50L, 19L, 5L, NA, 63L, 23L, NA, 6L, NA, 75L, NA, 38L, NA, 
12L, 19L, 142L, 32L, 7L, 7L, 64L, 49L, NA, 13L, 12L, 114L, 
NA, 48L, NA, 23L, 5L, 136L, NA, 52L, NA, 15L, 16L, 127L, 
24L, NA, 6L, NA, 57L, NA, 32L, NA, NA, 13L, 96L, 20L, NA, 
10L, 21L, 102L, NA, 31L, NA, 5L, 12L, 93L, NA)), .Names = c("level1", 
"level2", "X2002", "X2003", "X2004", "X2005", "X2006"), row.names = c(NA, 
-93L), class = "data.frame")

Answer 1

Cela devrait faire l'affaire, je pense:

by(d, d$level1, function(x) cbind(x[,1:2], t(t(x[,-1:-2]) / colSums(x[,-1:-2], na.rm=TRUE))))

Vous pouvez exécuter un do.call (rbind, ...) sur celui-ci si vous voulez tout dans un cadre de données.

Answer 2

Si je comprends bien la question, vous avez les totaux en utilisant:

totals <- cast(level1 ~ variable, data=melt(d, na.rm=T),sum)

... et vous voulez les convertir en pourcentages. (Notez que vous avez appelé la première colonne "L1" dans le texte de votre question, mais que la structure de données appelle la colonne "niveau1".)

Passer des totaux aux pourcentages est plus simple que vous ne le pensez.

prc <- 100 * totals[,-1] / colSums(totals[,-1])
rownames(prc) <- totals[,1]