mise en page de transfert de NetworkX à Cytoscape

Question

Je veux utiliser NetworkX pour générer une mise en page pour un graphique. Est-il possible de transférer cette mise en page Cytoscape et d'en tirer là? J'ai essayé d'écrire simplement un graphique comme

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
nx.write_graphml(G,'g.xml')

Mais aucun de ceux-ci est lu dans Cytoscape. Je ne sais pas comment transférer le graphique dans un format qui peut inclure des positions.

Answer 1

Votre g.xml fichier graphml semble bon, et les charges en Cytoscape pour moi (je suis sur un Mac). Avez-vous installé le graphmlreader plugin?

Sinon, téléchargez-le et déposez-le dans vos plugins dossier, puis redémarrez Cytoscape et essayez de charger à nouveau le réseau g.xml.

Mise à jour Voici un code pour ajouter les graphismes et la convivialité et le positionnement à un graphique NetworkX. Il est un peu bavard, et vous pouvez être en mesure d'omettre certains des attributs en fonction de vos besoins:

import networkx as nx

G = nx.Graph()
G.add_edge(0, 1, weight=0.1, label='edge', graphics={
    'width': 1.0, 'fill': '"#0000ff"', 'type': '"line"', 'Line': [],
    'source_arrow': 0, 'target_arrow': 0})
nx.set_node_attributes(G, 'graphics', {
    0: {'x': -85.0, 'y': -97.0, 'w': 20.0, 'h': 20.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#889999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0},
    1: {'x': -16.0, 'y': -1.0, 'w': 40.0, 'h': 40.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#ff9999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0}
    })
nx.set_node_attributes(G, 'label', {0: "0", 1: "1"})
nx.write_gml(G, 'network.gml')

Résultat: