Utilisation de Shlib pour compiler et charger la fonction RCPP autonome

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/8419607

  •  29-10-2019
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Question

J'essaie de compiler la fonction suivante avec SHLIB (enregistré comme foo.cpp):

#include <Rcpp.h>

RcppExport SEXP foo( SEXP x, SEXP y){
        Rcpp::NumericVector xx(x), yy(y) ;
        int n = xx.size() ;
        Rcpp::NumericVector res( n ) ;
        double x_ = 0.0, y_ = 0.0 ;
        for( int i=0; i<n; i++){
                x_ = xx[i] ;
                y_ = yy[i] ;
                if( x_ < y_ ){
                        res[i] = x_ * x_ ;
                } else {
                        res[i] = -( y_ * y_) ;
                }
        }
        return res ;
}

J'essaye

$ R CMD SHLIB foo.cpp 
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64  -I/opt/local/include    -fPIC  -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
foo.cpp:1:18: error: Rcpp.h: No such file or directory
foo.cpp:3: error: 'RcppExport' does not name a type
make: *** [foo.o] Error 1

Comment inclure ce fichier, et est-ce la bonne façon de compiler une fonction autonome avec RCPP? Bien sûr, j'ai installé RCPP avec install.packages('Rcpp').

Mise à jour:Essayer de trouver l'emplacement de rcpp.h dans RI Get:

> system.file("lib", "Rcpp.h", package="Rcpp")
[1] ""
> 

Cependant,

> Rcpp:::LdFlags()
/opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a> 

Mise à jour 2:

Regarder http://www.mail-archive.com/r-help@r-project.org/msg79185.html, J'ai essayé

$ PKG_CPPFLAGS=`Rscript -e 'Rcpp:::CxxFlags()'` \
>          PKG_LIBS=`Rscript -e 'Rcpp:::LdFlags()'` \
>          R CMD SHLIB foo.cpp
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -I/opt/local/lib/R/include -I/opt/local/lib/R/include/x86_64 -I/opt/local/lib/R/library/Rcpp/include -I/opt/local/include    -fPIC  -pipe -O2 -m64 -c foo.cpp -o foo.o
/opt/local/bin/g++-mp-4.4 -dynamiclib -Wl,-headerpad_max_install_names -undefined dynamic_lookup -single_module -multiply_defined suppress -L/opt/local/lib -o foo.so foo.o /opt/local/lib/R/library/Rcpp/lib/x86_64/libRcpp.a -L/opt/local/lib/R/lib/x86_64 -lR

Et il a généré foo.o et foo.so. Comment importer cela dans R maintenant?

Mise à jour 3:Donc il peut être chargé à partir de dyn.load comme

> dyn.load("foo.so")
> is.loaded("foo")
[1] TRUE

Il peut être appelé avec succès comme comme

> .Call("foo",x=as.numeric(c(1,2,3)),y=as.numeric(c(4,5,6)))
[1] 1 4 9

Bien que la fonction ne soit pas visible en tant que telle.

> foo
Error: object 'foo' not found

Pas de solution correcte

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