XmlSlurper groovy pas analyser mon fichier xml

Question

J'ai un xml, et je ne peux pas analyser ce fichier avec XmlSlurper. Voici une copie de mon fichier xml:

<Entrezgene-Set>
<Entrezgene>
<Entrezgene_summary>The protein encoded by this gene is a plasma glycoprotein of unknown function. The protein shows sequence similarity to the variable regions of some immunoglobulin supergene family member proteins. [provided by RefSeq]</Entrezgene_summary>
</Entrezgene>
</Entrezgene-Set>

J'ai juste besoin d'obtenir le texte de <Entrezgene_summary>

Voici mon code:

  def pubmedEfetch = {

  def base = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?"
  def qs = []
  qs << "db=gene"
  qs << "id=1"
  qs << "retmode=xml"
  def url = new URL(base + qs.join("&"))
  def connection = url.openConnection()

  def result = [:]

  if(connection.responseCode == 200){
    def xml = connection.content.text
    def eFetchResult = new XmlSlurper().parseText(xml)
    result.geneSummary = eFetchResult.Entrezgene-Set.Entrezgene.Entrezgene_summary
  }
  else{
    log.error("PubmedEfetchParserService.PubmedEsearch FAILED")
    log.error(url)
    log.error(connection.responseCode)
    log.error(connection.responseMessage)
  }
  render result
}

Et mon message d'erreur:

Error 500: groovy.lang.MissingPropertyException: No such property: Entrezgene for class: java.util.Set
Servlet: grails
URI: /geneInfo/grails/genes/pubmedEfetch.dispatch
Exception Message: No such property: Entrezgene for class: java.util.Set 
Caused by: groovy.lang.MissingPropertyException: No such property: Entrezgene for class: java.util.Set 
Class: GenesController 

Je ne vois pas où est ma faute?

J'essaie aussi: result.geneSummary = eFetchResult./Entrezgene-Set/.Entrezgene.Entrezgene_summary

Quelqu'un a une idée? Merci

Answer 1

Vous n'avez pas besoin de déréférencer l'étiquette supérieure (Entersgene-Set>). Les œuvres suivantes pour moi dans groovyconsole:

xml = """<Entrezgene-Set>
<Entrezgene>
   <Entrezgene_summary>The protein encoded by this gene is a plasma glycoprotein of unknown function. The protein shows sequence similarity to the variable regions of some immunoglobulin supergene family member proteins. [provided by RefSeq]
   </Entrezgene_summary>
</Entrezgene>
</Entrezgene-Set>
"""


def eFetchResult = new XmlSlurper().parseText(xml)
x = eFetchResult.Entrezgene.Entrezgene_summary
println "x is [${x}]"

BTW, votre message d'erreur est provoqué en essayant d'utiliser un nom de propriété avec un tableau de bord en elle.

Answer 2

Merci, Je viens juste de régler mon problème avec votre aide:

• en utilisant des guillemets, s'il y a un trait d'union dans mon élément xml (ex: « . 'Result.test = eFetchResult.Entrezgene.'Entrezgene_track-info Gene-track Gene-track_geneid ''.'),
• par suppression, la référence de l'étiquette supérieure (si je garde la référence d'étiquette haut, mes valeurs de carte sont vides - il est bon de savoir que: -)

Voici mon fix:

  def pubmedEfetch = {

  def base = "http://eutils.ncbi.nlm.nih.gov/entrez/eutils/efetch.fcgi?"
  def qs = []
  qs << "db=gene"
  qs << "id=1"
  qs << "retmode=xml"
  def url = new URL(base + qs.join("&"))
  def connection = url.openConnection()

  def result = [:]

  if(connection.responseCode == 200){
    def xml = connection.content.text
    def eFetchResult = new XmlSlurper().parseText(xml)
    result.geneSummary = eFetchResult.Entrezgene.Entrezgene_summary
  }
  else{
    log.error("PubmedEfetchParserService.PubmedEsearch FAILED")
    log.error(url)
    log.error(connection.responseCode)
    log.error(connection.responseMessage)
  }
  render result
}