Chargement, liste, et en utilisant des modules R et fonctions PL / R

Question

J'éprouve des difficultés avec:

• Liste des packages R et fonctions disponibles pour PostgreSQL.
• Installation d'un paquet (tel que Kendall ) pour une utilisation avec PL / R
• Appeler une fonction R dans les PostgreSQL

Liste disponibles R Packages

Q.1. Comment savoir quels modules R ont été chargés?

SELECT * FROM r_typenames();

qui montre les types qui sont disponibles, mais qu'en est-vérifier si Kendall( X, Y ) est chargé? Par exemple, le documentation montre:

CREATE TABLE plr_modules (
  modseq int4,
  modsrc text
);

Cela semble permettre l'insertion d'enregistrements de dicter que Kendall doit être chargé, mais le code suivant n'explique pas, syntaxiquement, comment assurer qu'il se charge:

INSERT INTO plr_modules
  VALUES (0, 'pg.test.module.load <-function(msg) {print(msg)}');

Q.2. Quel serait le look ligne ci-dessus comme si vous essayez de charger Kendall?
Q.3. est-il applicable?

Installation de packages R

Utilisation du gestionnaire de paquets « synaptique » les paquets suivants ont été installés:

r-base
r-base-core
r-base-dev
r-base-html
r-base-latex
r-cran-acepack
r-cran-boot
r-cran-car
r-cran-chron
r-cran-cluster
r-cran-codetools
r-cran-design
r-cran-foreign
r-cran-hmisc
r-cran-kernsmooth
r-cran-lattice
r-cran-matrix
r-cran-mgcv
r-cran-nlme
r-cran-quadprog
r-cran-robustbase
r-cran-rpart
r-cran-survival
r-cran-vr
r-recommended

Q.4. Comment puis-je savoir si Kendall est là-dedans?
Q.5. Dans le cas contraire, comment puis-je savoir quel paquet il est en
Q.6. Si ce n'est pas dans un emballage approprié pour l'installation avec apt-get (aptitude, synaptic, dpkg, ce que vous avez), comment dois-je procéder installer sur Ubuntu?
Q.7. Où sont les étapes d'installation documentées?

Appel de fonctions R

Je le code suivant:

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'corr( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

Ce code appelle la fonction PostgreSQL corr pour calculer la corrélation de Pearson sur les données. Idéalement, je voudrais faire ce qui suit (en passant corr pour plr_kendall):

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'plr_kendall( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

Q.8. Dois-je plr_kendall d'écrire moi-même?
Q.9 Où puis-je trouver un simples par exemple qui marche à travers:.

1. Chargement d'un module de R dans PG.
2. Ecrire une enveloppe de PG de la fonction de R désiré.
3. Appeler l'emballage PG d'un SELECT.

Par exemple, seraient les deux dernières étapes ressembler à:

create or replace function plr_kendall( _float8, _float8 ) returns float as '
  agg_kendall(arg1, arg2)
' language 'plr';

CREATE AGGREGATE agg_kendall (
  sfunc = plr_array_accum,
  basetype = float8, -- ???
  stype = _float8, -- ???
  finalfunc = plr_kendall
);

Et puis le SELECT comme ci-dessus?

Merci!

Answer 1

Aperçu

Ces liste étapes comment appeler une fonction R de PostgreSQL en utilisant PL / R.

Prerequisties

Vous devez déjà avoir PostgreSQL, R et PL / R installé.

Étapes

1. En R Nom du module (par exemple, Kendall)
2. Modifier à l'utilisateur de base de données:

   sudo su - postgres

3. Exécuter R

   R

4. Installer R Module (accepter $HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.9/):

   install.packages("Kendall", dependencies = TRUE)

5. Choisissez un miroir CRAN, lorsque vous êtes invité.
6. Créer le tableau suivant:

   CREATE TABLE plr_modules (
   modseq int4,
   modsrc text
   );

7. Insérer dans cette table la directive R pour charger le module en question:

   INSERT INTO plr_modules
   VALUES (0, 'library(Kendall)' );

8. Redémarrez la base de données (ou SELECT * FROM reload_plr_modules();):

   sudo /etc/init.d/postgresql-8.4 restart

9. Créer une fonction wrapper dans PostgreSQL:

   CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.plr_corr_kendall(
   double precision[],
   double precision[] )
   RETURNS double precision AS
   $BODY$
   Kendall(arg1, arg2)
   $BODY$
   LANGUAGE 'plr' VOLATILE STRICT;

10. Créer une fonction qui utilise la fonction enveloppe.
11. Tester la nouvelle fonction.

Wrapper Fonction

Cette fonction effectue le travail de collecte de données à partir de la base de données et la création de deux matrices. Ces tableaux sont passés dans la fonction enveloppe de plr_corr_kendall.

CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.analysis_vector()
RETURNS double precision AS
$BODY$
DECLARE
  v_year_taken double precision[];
  v_amount double precision[];
  i RECORD;
BEGIN
  FOR i IN (
  SELECT
    extract(YEAR FROM m.taken) AS year_taken,
    avg( m.amount ) AS amount
  FROM
    climate.city c,
    climate.station s,
    climate.station_category sc,
    climate.measurement m
  WHERE 
    c.id = 5148 AND 
    earth_distance( 
      ll_to_earth(c.latitude_decimal,c.longitude_decimal), 
      ll_to_earth(s.latitude_decimal,s.longitude_decimal)) <= 30 AND 
    s.elevation BETWEEN 0  AND  3000  AND 
    s.applicable AND 
    sc.station_id = s.id AND 
    sc.category_id = 1 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_start) >= 1900 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_end) <= 2009 AND 
    m.station_id = s.id AND 
    m.taken BETWEEN sc.taken_start AND sc.taken_end AND 
    m.category_id = sc.category_id 
  GROUP BY 
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ORDER BY
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ) LOOP
    SELECT array_append( v_year_taken, i.year_taken ) INTO v_year_taken;
    SELECT array_append( v_amount, i.amount::double precision ) INTO v_amount;
  END LOOP;

  RAISE NOTICE '%', v_year_taken;
  RAISE NOTICE '%', v_amount;

  RETURN climate.plr_corr_kendall( v_year_taken, v_amount );
END;
$BODY$
LANGUAGE 'plpgsql' VOLATILE
COST 100;

test

Test de la fonction comme suit:

SELECT
  *
FROM
  climate.analysis_vector();

Résultat

Un numéro: -0,0578900910913944