PL/RでRモジュールと機能をロード、リスト、および使用する

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/2932028

  •  05-10-2019
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質問

私は苦労しています：

  • PostgreSQLで利用可能なRパッケージと機能をリストします。
  • パッケージのインストール（など ケンドール）PL/Rで使用するため
  • PostgreSQL内のR関数を呼び出す

利用可能なRパッケージをリストします

Q.1。 どのRモジュールがロードされているかをどのように見つけますか？

SELECT * FROM r_typenames();

それは利用可能なタイプを示していますが、チェックするのはどうですか Kendall( X, Y ) ロードされていますか？たとえば、 ドキュメンテーション ショー：

CREATE TABLE plr_modules (
  modseq int4,
  modsrc text
);

これにより、記録を挿入してそれを決定することができるようです Kendall ロードされることになりますが、次のコードは、構文的に、それがロードされることを確認する方法を説明していません。

INSERT INTO plr_modules
  VALUES (0, 'pg.test.module.load <-function(msg) {print(msg)}');

Q.2。 あなたがロードしようとしていた場合、上記の線はどのように見えますか Kendall?
Q.3。 該当しますか？

Rパッケージのインストール

「シナプス」パッケージマネージャーを使用して、次のパッケージがインストールされています。

r-base
r-base-core
r-base-dev
r-base-html
r-base-latex
r-cran-acepack
r-cran-boot
r-cran-car
r-cran-chron
r-cran-cluster
r-cran-codetools
r-cran-design
r-cran-foreign
r-cran-hmisc
r-cran-kernsmooth
r-cran-lattice
r-cran-matrix
r-cran-mgcv
r-cran-nlme
r-cran-quadprog
r-cran-robustbase
r-cran-rpart
r-cran-survival
r-cran-vr
r-recommended

Q.4。 ケンドールがそこにいるかどうかをどうやって知ることができますか？
Q.5。 そうでない場合、どのようなパッケージにあるかを知るにはどうすればよいですか？
Q.6。 インストールに適したパッケージに含まれていない場合 apt-get (aptitude, synaptic, dpkg, 、あなたは何ですか）、ubuntuにインストールするにはどうすればよいですか？
Q.7。 インストール手順はどこで文書化されていますか？

r関数を呼び出します

次のコードがあります。

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'corr( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

このコードは、postgreSQL関数を呼び出します corr データに対するピアソンの相関を計算します。理想的には、次のことをしたい（切り替えによって corr にとって plr_kendall):

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'plr_kendall( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

Q.8。 私は書く必要がありますか plr_kendall 私自身？
Q.9。 どこにありますか 単純 通り抜ける例：

  1. RモジュールをPGにロードします。
  2. 目的のR関数のPGラッパーを書きます。
  3. SelectからPGラッパーを呼び出します。

たとえば、最後の2つのステップは次のようになります。

create or replace function plr_kendall( _float8, _float8 ) returns float as '
  agg_kendall(arg1, arg2)
' language 'plr';

CREATE AGGREGATE agg_kendall (
  sfunc = plr_array_accum,
  basetype = float8, -- ???
  stype = _float8, -- ???
  finalfunc = plr_kendall
);

そして、 SELECT 上記のように？

ありがとうございました！

役に立ちましたか？

解決

概要

これらの手順には、pl/rを使用してpostgresqlからR関数を呼び出す方法をリストします。

前提条件

既にPostgreSQL、R、およびPL/Rがインストールされている必要があります。

ステップ

  1. Rモジュール名を見つけます（例： Kendall)
  2. データベースユーザーに変更：
    sudo su - postgres
  3. rを実行します
    R
  4. Rモジュールをインストールします（Accept $HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.9/): 
    install.packages("Kendall", dependencies = TRUE)
  5. プロンプトが表示されたら、クランミラーを選択します。
  6. 次の表を作成します。
    CREATE TABLE plr_modules (
modseq int4,
modsrc text
);
  7. そのテーブルに挿入された指令を問題のRモジュールにロードするよう指示してください。
    INSERT INTO plr_modules
VALUES (0, 'library(Kendall)' );
  8. データベースを再起動します（または SELECT * FROM reload_plr_modules();): 
    sudo /etc/init.d/postgresql-8.4 restart
  9. PostgreSQLでラッパー関数を作成します。
    CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.plr_corr_kendall(
double precision[],
double precision[] )
RETURNS double precision AS
$BODY$
Kendall(arg1, arg2)
$BODY$
LANGUAGE 'plr' VOLATILE STRICT;
  10. ラッパー関数を使用する関数を作成します。
  11. 新しい関数をテストします。

ラッパー関数

この関数は、データベースからデータを収集し、2つの配列を作成する作業を実行します。これらの配列はに渡されます plr_corr_kendall ラッパー関数。

CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.analysis_vector()
RETURNS double precision AS
$BODY$
DECLARE
  v_year_taken double precision[];
  v_amount double precision[];
  i RECORD;
BEGIN
  FOR i IN (
  SELECT
    extract(YEAR FROM m.taken) AS year_taken,
    avg( m.amount ) AS amount
  FROM
    climate.city c,
    climate.station s,
    climate.station_category sc,
    climate.measurement m
  WHERE 
    c.id = 5148 AND 
    earth_distance( 
      ll_to_earth(c.latitude_decimal,c.longitude_decimal), 
      ll_to_earth(s.latitude_decimal,s.longitude_decimal)) <= 30 AND 
    s.elevation BETWEEN 0  AND  3000  AND 
    s.applicable AND 
    sc.station_id = s.id AND 
    sc.category_id = 1 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_start) >= 1900 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_end) <= 2009 AND 
    m.station_id = s.id AND 
    m.taken BETWEEN sc.taken_start AND sc.taken_end AND 
    m.category_id = sc.category_id 
  GROUP BY 
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ORDER BY
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ) LOOP
    SELECT array_append( v_year_taken, i.year_taken ) INTO v_year_taken;
    SELECT array_append( v_amount, i.amount::double precision ) INTO v_amount;
  END LOOP;

  RAISE NOTICE '%', v_year_taken;
  RAISE NOTICE '%', v_amount;

  RETURN climate.plr_corr_kendall( v_year_taken, v_amount );
END;
$BODY$
LANGUAGE 'plpgsql' VOLATILE
COST 100;

テスト

次のように関数をテストします。

SELECT
  *
FROM
  climate.analysis_vector();

結果

番号：-0.0578900910913944

ライセンス： CC-BY-SA と 帰属
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