Come dici tu questo è un bug che ha a che fare con la traduzione tra il livello Mayavi e il livello VTK. Ma per ora potresti usare questo attributo:
>> ax=mlab.axes()
>> ax.axes.font_factor
1.5
>> ax.axes.font_factor=2
Produce solo un piccolo aumento di dimensioni, tuttavia, poiché rifiuta i valori superiori a 2.