Questo perché è un else if
invece di if
S. Una volta che il primo è soddisfatto, non sta controllando gli altri. Cambia l'ordine in cui li controlli. Quindi qualcosa di simile
if (cb1.isChecked() && cb2.isChecked()) {
a="abc";
}
else if(cb1.isChecked()) {
a="pqr";
}
else if(cb2.isChecked()){
a="asd";
}
else{
a="xyz";
}