visualizzazione dei dati delle frequenze di transizioni di stato (possibilmente in R?)

Question

Sto lavorando su alcuni dati sperimentali, che possono essere di tipo A, B e C. Ora mi osservano questi dati per 5 punti di tempo, e posso vedere li spostano tra A a B, da B a C, ... eccetera. I vedere tali transizioni per un certo numero di punti di dati indipendenti, e ho le frequenze cumulate da tutti i dati.

Per esempio, ho: $$ Periodo A B C \ newline 1 4 4 2 2 1 2 7 3 0 1 9 4 10 0 0 5 8 1 1 $$

so le transizioni da uno stato all'altro, per esempio da A-> B, B-> C così via e così via. Per esempio so che dal Periodo 1, (tutti gli A del andato a C. Tra uno dei dispersi del B è andato a una, e resto a C.) Stavo pensando a quello che sarebbe il modo migliore per rappresentare visivamente questa volta transizioni saggi da uno stato ad un altro. Stavo pensando che ci potrebbe essere qualche modo migliore che avere una matrice di transizione, forse qualcosa che assomiglia a una catena di Markov, ma che potevano ospitare tutti i 5 periodi di transizioni in maniera succinta? Io stesso lavoro su un software statistico STATA chiamato, che ha limitato le applicazioni grafiche. C'è qualcosa su altri pacchetti software (R forse?) Che mi può aiutare in questo?

• Ci scusiamo per la rappresentazione trucco della matrice dei dati.

Answer 1

Come su un Sankey diagramma nel tempo su l'asse x e di flusso che rappresenta la larghezza frequenza di transizione di stato. Ecco una discussione SO sull'attuazione Sankey diagrammi R .

Una possibile pacchetto R è {} riverplot . .. ecco il codice mostrando la prima transizione nei dati:

library(riverplot)
nodes <- as.character(sapply(1:2, FUN = function(n){paste0(LETTERS[1:3],n)}))
edges <- list(A1=list(C2=4), B1=list(A2=1,C2=1,B2=2), C1=list(C2=2))
r <- makeRiver( nodes, edges, node_xpos= c( 1,1,1 ,2,2,2),
                node_labels= c( A1= "A", B1= "B", C1= "C", A2="A",B2="B",C2="C" ))
plot( r )

produrrà questo:

Answer 2

Se avete i dati sotto forma di una tabella di conteggi di transizione: $$ Transizione Periodo 1 Periodo 2 Periodo 3 Periodo 4 \ newline A-> A 0 0 0 8 A-> B 0 0 0 1 A-> C 4 1 0 1 B-> A 1 0 1 0 B-> B 2 0 0 0 B-> C 1 1 0 0 C-> A 0 0 9 0 C-> B 0 0 0 0 C-> C 2 7 0 0 $$ Poi una possibile visualizzazione è una trama zona. La seguente tabella è stata produceds in Excel (pulsante / Area sul nastro Inserire utilizzare i grafici). Questo grafico cattura con precisione tutte le transizioni che si sono verificati in ciascun periodo. Le aree ombreggiate di diversi colori rappresentano le frequenze relative di transizioni coppia origine-destinazione.

Answer 3

Non sono sicuro se questo è il tipo di analisi che sono dopo, ma si menziona che il lato visivo è limitato in STATA. Un collega ha scritto un blog che Neo4j utilizzato per leggere i dati web in un database grafico, e d3js per visualizzare i dati graficamente.

Mi rendo conto che non si dispone di dati web in quanto tali, ma i dati possono essere memorizzati nel database un grafico , ma credo che quando mi è stato chiesto su quali tipi di analisi che si stavano progettando di fare, mi è stato chiesto stavi bisogno di un senso qualitativo o quantitativo. Ma sembra che non si è ancora in fase di lavoro che fuori. La cosa bella con Neo4j è che si può tirare i dati in R e fare qualsiasi tipo di analisi che si desidera su di esso.