Layout Transfer da NetworkX a Cytoscape

Question

voglio usare NetworkX per generare un layout per un grafico. E 'possibile trasferire questo layout a Cytoscape e disegnare lì? Ho cercato di scrivere semplicemente un grafico come

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
nx.write_graphml(G,'g.xml')

Ma nessuno di questi è letto in Cytoscape. Non sono sicuro come trasferire il grafico in un formato che può includere posizioni.

Answer 1

Il file graphml g.xml sembra buono, e carica in Cytoscape per me (io sono su un Mac). È stato installato il graphmlreader plug-in?

In caso contrario, scaricarlo e rilasciarlo nel vostro plugin cartella, quindi riavviare Cytoscape e provare a caricare di nuovo la rete g.xml.

Aggiorna Ecco il codice per aggiungere la grafica look-and-feel e il posizionamento a un grafico NetworkX. E 'un po' prolisso, e si può essere in grado di omettere alcuni degli attributi a seconda delle esigenze:

import networkx as nx

G = nx.Graph()
G.add_edge(0, 1, weight=0.1, label='edge', graphics={
    'width': 1.0, 'fill': '"#0000ff"', 'type': '"line"', 'Line': [],
    'source_arrow': 0, 'target_arrow': 0})
nx.set_node_attributes(G, 'graphics', {
    0: {'x': -85.0, 'y': -97.0, 'w': 20.0, 'h': 20.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#889999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0},
    1: {'x': -16.0, 'y': -1.0, 'w': 40.0, 'h': 40.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#ff9999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0}
    })
nx.set_node_attributes(G, 'label', {0: "0", 1: "1"})
nx.write_gml(G, 'network.gml')

Risultato: