comportamento cor () in R diverso tra i singoli vettori e data.frame

Question

Sto cercando di ottenere il coefficiente di correlazione di Pearson per tutte le righe in un frame di dati l'una rispetto all'altra.ci sono valori che sono vuoti (NA) e questo sembra presentare un problema che non incontro durante l'esecuzione di cor () su 2 vettori con valori mancanti.Questo è il risultato corretto su 2 vettori:

x <- c(NA, 4.5, NA, 4, NA, 1)
y <- c(2.5, 3.5, 3, 3.5, 3, 2.5)
cor(x,y, use = "complete.obs")
[1] 0.9912407

ed ecco il risultato quando fanno parte di un data frame:

cor(t(critics1), use = "complete.obs")
   y  a  b  c  d  e  x
y  1 NA NA NA NA NA NA
a NA  1  1  1 -1  1 -1
b NA  1  1  1 -1  1 -1
c NA  1  1  1 -1  1 -1
d NA -1 -1 -1  1 -1  1
e NA  1  1  1 -1  1 -1
x NA -1 -1 -1  1 -1  1
Warning message:
In cor(t(critics1), use = "complete.obs") : the standard deviation is zero

Perché il parametro use non ha lo stesso effetto? Ecco come appare il dataframe critics1;

film1 film2 film3 film4 film5 film6
y   2.5   3.5   3.0   3.5   3.0   2.5
a   3.0   3.5   1.5   5.0   3.0   3.5
b   2.5   3.0    NA   3.5   4.0    NA
c    NA   3.5   3.0   4.0   4.5   2.5
d   3.0   4.0   2.0   3.0   3.0   2.0
e   3.0   4.0    NA   5.0   3.0   3.5
x    NA   4.5    NA   4.0    NA   1.0

Answer 1

Come ha ipotizzato @joran, quando trasponi critics1, ci sono solo due osservazioni complete (cioè righe senza valori mancanti).Ecco perché tutte le correlazioni sono 1 o -1 o (per quelle che coinvolgono y, che ha valore 3.5 in entrambe le righe complete), NA.

t(critics1)
#         y   a   b   c d   e   x
# film1 2.5 3.0 2.5  NA 3 3.0  NA
# film2 3.5 3.5 3.0 3.5 4 4.0 4.5
# film3 3.0 1.5  NA 3.0 2  NA  NA
# film4 3.5 5.0 3.5 4.0 3 5.0 4.0
# film5 3.0 3.0 4.0 4.5 3 3.0  NA
# film6 2.5 3.5  NA 2.5 2 3.5 1.0

Se utilizzi use="pairwise.complete.obs" invece di use="complete.obs", funziona come desideri:

cor(t(df), use="pairwise.complete.obs")["y","x"] # Extract correlation of y and x
# [1] 0.9912407