I file di configurazione esterni sono considerati un antipattern?

Question

Molte volte sono stato in una situazione in cui un'applicazione è apparentemente rotta, solo per scoprire che un file di configurazione esterno è stato in errore. In genere questo è perché il file sbagliato è presente o che contiene dati errati.

Esiste un modo migliore per consentire a un utente/processo esterno di modificare le caratteristiche di runtime di un'applicazione o è la soluzione più nota al problema?

Mi piacerebbe vedere la discussione sul caso generale piuttosto che concentrarmi su, diciamo, UNIX /etc O Java Jndi e così via.