Istogramma con scala logaritmica e si rompe personalizzati

Question

Sto cercando di generare un istogramma in R con una scala logaritmica per y. Attualmente faccio:

hist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25))

Questo mi dà un istogramma, ma la densità tra 0 a 1 è così grande (circa un milione di differenza dei valori), che si può a malapena a distinguere una qualsiasi delle altre barre.

Poi ho provato a fare:

mydata_hist <- hist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25), plot=FALSE)
plot(rpd_hist$counts, log="xy", pch=20, col="blue")

Mi dà sorta quello che voglio, ma il fondo mi mostra i valori 1-6 piuttosto che 0, 1, 2, 3, 4, 5, 25. E 'anche che mostrano i dati come punti anziché bar. opere barplot ma poi non si ottiene nessun asse in basso.

Answer 1

Un istogramma è la stima della densità di un povero-uomo. Si noti che nella chiamata a hist() usando argomenti di default, si ottiene frequenze non di probabilità - aggiungi ,prob=TRUE alla chiamata se si desidera probabilità.

Per quanto riguarda il problema dell'asse del registro, non utilizzare 'x' se non si desidera che l'asse x trasformato:

plot(mydata_hist$count, log="y", type='h', lwd=10, lend=2)

si ottiene bar su una scala logaritmica-y -. Il look-and-feel è ancora un po 'diverso, ma probabilmente può essere ottimizzato

Infine, si può anche fare hist(log(x), ...) per ottenere un istogramma del registro dei dati.

Answer 2

Un'altra opzione sarebbe quella di utilizzare il pacchetto ggplot2.

ggplot(mydata, aes(x = V3)) + geom_histogram() + scale_x_log10()

Answer 3

Non è del tutto chiaro dalla tua domanda se si desidera un login asse X o di un asse y registrato. Un asse y è registrato non è una buona idea quando si utilizzano barre perché ancorate a zero, che diventa infinito negativo quando connesso. È possibile aggirare il problema utilizzando un poligono di frequenza o trama densità.

Answer 4

La risposta di Dirk è un grande. Se si desidera un aspetto simile a quello che hist produce, si può anche provare questo:

buckets <- c(0,1,2,3,4,5,25)
mydata_hist <- hist(mydata$V3, breaks=buckets, plot=FALSE)
bp <- barplot(mydata_hist$count, log="y", col="white", names.arg=buckets)
text(bp, mydata_hist$counts, labels=mydata_hist$counts, pos=1)

L'ultima riga è opzionale, aggiunge etichette dei valori appena sotto la parte superiore di ogni bar. Ciò può essere utile per grafi scala logaritmica, ma può anche essere omessa.

passo anche main, xlab e parametri ylab per fornire un titolo trama, asse x etichetta ed etichetta y.

Answer 5

Eseguire il hist () funzione senza fare un grafico, di log-trasformare i conteggi, e quindi disegnare la figura.

hist.data = hist(my.data, plot=F)
hist.data$counts = log(hist.data$counts, 2)
plot(hist.data)

Si dovrebbe apparire proprio come l'istogramma normale, ma l'asse y sarà log2 Frequenza.

Answer 6

Ho messo insieme una funzione che si comporta in modo identico a Hist nel caso di default, ma accetta l'argomentazione di registro. Esso utilizza alcuni trucchi da altri manifesti, ma aggiunge un paio di sua iniziativa. hist(x) e myhist(x) sembrano identici.

Il problema originale sarebbe risolto con:

myhist(mydata$V3, breaks=c(0,1,2,3,4,5,25), log="xy")

La funzione:

myhist <- function(x, ..., breaks="Sturges",
                   main = paste("Histogram of", xname),
                   xlab = xname,
                   ylab = "Frequency") {
  xname = paste(deparse(substitute(x), 500), collapse="\n")
  h = hist(x, breaks=breaks, plot=FALSE)
  plot(h$breaks, c(NA,h$counts), type='S', main=main,
       xlab=xlab, ylab=ylab, axes=FALSE, ...)
  axis(1)
  axis(2)
  lines(h$breaks, c(h$counts,NA), type='s')
  lines(h$breaks, c(NA,h$counts), type='h')
  lines(h$breaks, c(h$counts,NA), type='h')
  lines(h$breaks, rep(0,length(h$breaks)), type='S')
  invisible(h)
}

esercizio per il lettore: Purtroppo, non tutto ciò che funziona con hist lavora con myhist così com'è. Questo dovrebbe essere risolvibile con un po 'più di sforzo, però.

Answer 7

Ecco una soluzione abbastanza ggplot2:

library(ggplot2)
library(scales)  # makes pretty labels on the x-axis

breaks=c(0,1,2,3,4,5,25)

ggplot(mydata,aes(x = V3)) + 
  geom_histogram(breaks = log10(breaks)) + 
  scale_x_log10(
    breaks = breaks,
    labels = scales::trans_format("log10", scales::math_format(10^.x))
  )

Si noti che per impostare le pause in geom_histogram, dovevano essere trasformati per lavorare con scale_x_log10