Pacchetti di dinamica quantistica e molecolare e sistemi di coda [chiuso]

Question

Nella lunga lista di pacchetti di dinamica quantistica e molecolare, quali possono essere facilmente "interconnessi" ad un cluster che funzioni con i sistemi di coda PBS e Sun Grid Engine?

Oppure esiste qualche programma o metodo che consente di "impacchettare" tutti i lavori in modo PBS o SGE?

Grazie

Answer 1

Sarei molto sorpreso se molti dei pacchetti nel tuo elenco non potessero essere facilmente eseguiti su un cluster sotto PBS, SGE o entrambi.Nella loro forma più semplice sono solo gestori di lavori batch, quindi se puoi scrivere una riga di comando per eseguire il programma scelto puoi scrivere uno script di lavoro per l'invio.Con SGE, non ho molta familiarità con PBS, puoi persino eseguire lavori interattivi su un cluster.

Probabilmente vorrai sapere come eseguire versioni parallele dei tuoi pacchetti sotto PBS e SGE.Ancora una volta, molto semplice se (a) il pacchetto è parallelizzato e (b) il cluster ha configurato il giusto sistema di parallelizzazione.

Se hai domande più specifiche su pacchetti particolari, forse, potresti provare a postare di nuovo, anche se sospetto che i produttori del pacchetto, o il loro sito web, siano un punto di partenza migliore rispetto a SO.