Come si usa plyr alle righe numero?

Question

In sostanza voglio una colonna id autoincremented in base alle mie coorti - in questo caso (kmer, cvCut)

.

    > myDataFrame
       size kmer cvCut   cumsum
1      8132   23    10     8132
10000   778   23    10 13789274
30000   324   23    10 23658740
50000   182   23    10 28534840
100000   65   23    10 33943283
200000   25   23    10 37954383
250000  584   23    12 16546507
300000  110   23    12 29435303
400000   28   23    12 34697860
600000  127   23     2 47124443
600001  127   23     2 47124570

Voglio una colonna aggiunta che ha nuovi nomi di riga in base alla / gruppo cvCut kmer

    > myDataFrame
       size kmer cvCut   cumsum  newID
1      8132   23    10     8132      1
10000   778   23    10 13789274      2
30000   324   23    10 23658740      3
50000   182   23    10 28534840      4
100000   65   23    10 33943283      5 
200000   25   23    10 37954383      6
250000  584   23    12 16546507      1
300000  110   23    12 29435303      2
400000   28   23    12 34697860      3
600000  127   23     2 47124443      1
600001  127   23     2 47124570      2

Answer 1

Lo farei in questo modo:

library(plyr)
ddply(df, c("kmer", "cvCut"), transform, newID = seq_along(kmer))

Answer 2

Basta aggiungere una nuova colonna ogni volta che si chiama plyr:

R> DF <- data.frame(kmer=sample(1:3, 50, replace=TRUE), \
                    cvCut=sample(LETTERS[1:3], 50, replace=TRUE))
R> library(plyr)
R> ddply(DF, .(kmer, cvCut), function(X) data.frame(X, newId=1:nrow(X)))
   kmer cvCut newId
1     1     A     1
2     1     A     2
3     1     A     3
4     1     A     4
5     1     A     5
6     1     A     6
7     1     A     7
8     1     A     8
9     1     A     9
10    1     A    10
11    1     A    11
12    1     B     1
13    1     B     2
14    1     B     3
15    1     B     4
16    1     B     5
17    1     B     6
18    1     C     1
19    1     C     2
20    1     C     3
21    2     A     1
22    2     A     2
23    2     A     3
24    2     A     4
25    2     A     5
26    2     B     1
27    2     B     2
28    2     B     3
29    2     B     4
30    2     B     5
31    2     B     6
32    2     B     7
33    2     C     1
34    2     C     2
35    2     C     3
36    2     C     4
37    3     A     1
38    3     A     2
39    3     A     3
40    3     A     4
41    3     B     1
42    3     B     2
43    3     B     3
44    3     B     4
45    3     C     1
46    3     C     2
47    3     C     3
48    3     C     4
49    3     C     5
50    3     C     6
R> 

Answer 3

Credo che questo è ciò che si vuole:

caricare i dati:

x <- read.table(textConnection(
"id      size kmer cvCut   cumsum
1      8132   23    10     8132
10000   778   23    10 13789274
30000   324   23    10 23658740
50000   182   23    10 28534840
100000   65   23    10 33943283
200000   25   23    10 37954383
250000  584   23    12 16546507
300000  110   23    12 29435303
400000   28   23    12 34697860
600000  127   23     2 47124443
600001  127   23     2 47124570"), header=TRUE)

Usa ddply:

library(plyr)
ddply(x, .(kmer, cvCut), function(x) cbind(x, 1:nrow(x)))