Come hanno riconosciuto tutte le librerie Rpy2 R

Question

Come hanno riconosciuto tutte le librerie Rpy2 R.

Rpy2 non riconoscere le biblioteche, utils, e gli strumenti.

import rpy2.robjects as robjects

R = robjects.r  

>>> R['library']("utils")

RVector - Python:0x7f65fc85cfc8 / R:0x19bb980

>>> R['library']("tools")

RVector - Python:0x7f65fc85f5a8 / R:0x2419140

(>>> da rpy2.robjects.packages importazione importr Traceback (chiamata più recente scorso):   File "", la linea 1, in ImportError: Nessun pacchetto modulo denominato )

come posso aggiornare Rpy2 per caricare tutte le librerie, senza problemi o R che può essere fatto.

PS: Io uso R 2.10 e Python 2.6 su Ubuntu

Answer 1

Al fine di ottenere il comando importr al lavoro, probabilmente è necessario aggiornare la versione di rpy2 - Prova a controllare la versione:

print rpy2.__version__

Credo che hai bisogno la versione 2.1.0 o superiore. I seguenti lavori per me sotto 2.1.7, ma non su 2.0.3:

In [1]: import rpy2.robjects as robjects

In [2]: R = robjects.r  

In [3]: from rpy2.robjects.packages import importr

In [4]: importr("utils")
Out[4]: <rpy2.robjects.packages.SignatureTranslatedPackage object at 0x1e96310>

Non sono sicuro di quello che stai cercando di fare, come quelle librerie dovrebbero funzionare senza alcuna importazione in più, come ha detto Gavin.

Answer 2

Se non mi sbaglio - Non faccio uso di Rpy2 - questi pacchetti (sono non le librerie tra l'altro) vengono caricati automaticamente all'avvio di R; non c'è bisogno di fare niente altro per fare uso di loro. Tutte le funzioni visibili dall'utente in questi pacchetti sono resi disponibili durante R avviamento.

Inoltre, non è possibile aggiornare questi pacchetti - sono R. Si ottiene solo gli aggiornamenti quando si aggiorna R stesso. In questo si differenziano dai pacchetti consigliati (come NLME, mgcv, MASSA, ecc), che sono anche in CRAN e che vengono aggiornati con maggiore frequenza tra versione R aggiornamenti.