どのように聞UniProt上HTTP Python?

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/715538

質問

ようにしているものの結果からUniProtであるタンパク質データベース（詳細がきを持参してください。.私は利用しようといくつかのスクリプトに変換するかのようなIDです。ることができたこの手のブラウザでないとエラーになります。

に http://www.uniprot.org/faq/28 ありサンプルのイントロダクションです。またPerlの一つというので問題は私のPythonのことを伝え、"よくやった！（動作）スクリプト:

## tool_example.pl ##
use strict;
use warnings;
use LWP::UserAgent;

my $base = 'http://www.uniprot.org';
my $tool = 'mapping';
my $params = {
  from => 'ACC', to => 'P_REFSEQ_AC', format => 'tab',
  query => 'P13368 P20806 Q9UM73 P97793 Q17192'
};

my $agent = LWP::UserAgent->new;
push @{$agent->requests_redirectable}, 'POST';
print STDERR "Submitting...\n";
my $response = $agent->post("$base/$tool/", $params);

while (my $wait = $response->header('Retry-After')) {
  print STDERR "Waiting ($wait)...\n";
  sleep $wait;
  print STDERR "Checking...\n";
  $response = $agent->get($response->base);
}

$response->is_success ?
  print $response->content :
  die 'Failed, got ' . $response->status_line . 
    ' for ' . $response->request->uri . "\n";

私の質問:

1)どういうPython?

2)まではできない大規模スケール"（すなわち、多くのエントリのクエリ分野)?

役に立ちましたか？

解決

問題#1:

このpythonのurllibs:

import urllib, urllib2
import time
import sys

query = ' '.join(sys.argv)   

# encode params as a list of 2-tuples
params = ( ('from','ACC'), ('to', 'P_REFSEQ_AC'), ('format','tab'), ('query', query))
# url encode them
data = urllib.urlencode(params)    
url = 'http://www.uniprot.org/mapping/'

# fetch the data
try:
    foo = urllib2.urlopen(url, data)
except urllib2.HttpError, e:
    if e.code == 503:
        # blah blah get the value of the header...
        wait_time = int(e.hdrs.get('Retry-after', 0))
        print 'Sleeping %i seconds...' % (wait_time,)
        time.sleep(wait_time)
        foo = urllib2.urlopen(url, data)


# foo is a file-like object, do with it what you will.
foo.read()

他のヒント

あなたは別のIDの1セットを変換するために、EBIからのタンパク質識別子クロスリファレンスサービスを使用してオフにおそらく方がよいでしょう。それは非常に良いRESTインターフェースを持っています。

http://www.ebi.ac.uk/Tools/picr/

私はまた、UniProtのが利用可能非常に良いWebサービスを持っていることを言及する必要があります。あなたは、その後、何らかの理由で単純なHTTPリクエストを使用して接続されていた場合にかかわらず、そのおそらく有用ではありません。

のあなたは、Python 2.5を使用していると仮定しよう。 私たちは、直接ウェブサイトを呼び出すために httplib に使用することができます：

import httplib, urllib
querystring = {}
#Build the query string here from the following keys (query, format, columns, compress, limit, offset)
querystring["query"] = "" 
querystring["format"] = "" # one of html | tab | fasta | gff | txt | xml | rdf | rss | list
querystring["columns"] = "" # the columns you want comma seperated
querystring["compress"] = "" # yes or no
## These may be optional
querystring["limit"] = "" # I guess if you only want a few rows
querystring["offset"] = "" # bring on paging 

##From the examples - query=organism:9606+AND+antigen&format=xml&compress=no
##Delete the following and replace with your query
querystring = {}
querystring["query"] =  "organism:9606 AND antigen" 
querystring["format"] = "xml" #make it human readable
querystring["compress"] = "no" #I don't want to have to unzip

conn = httplib.HTTPConnection("www.uniprot.org")
conn.request("GET", "/uniprot/?"+ urllib.urlencode(querystring))
r1 = conn.getresponse()
if r1.status == 200:
   data1 = r1.read()
   print data1  #or do something with it

あなたは、クエリ文字列を作成する周りの機能を作ることができ、あなたが離れてする必要があります。

bioservicesこれをチェックしてください。彼らは、Python経由のデータベースの多くのインターフェース。 https://pythonhosted.org/bioservices/_modules/bioservices/uniprot.htmlする 

conda install bioservices --yes

互いに補完をO.rka答え:

質問1

from bioservices import UniProt
u = UniProt()
res = u.get_df("P13368 P20806 Q9UM73 P97793 Q17192".split())

こ返しますdataframeすべての情報を入力します。

質問2 同じ答えになります。この規模です。

免責事項:私の著書であるbioservices

PIPでのpythonパッケージには、正確に何をしたいんこれがある

pip install uniprot-mapper
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