変形データフレームR[複製]
https://stackoverflow.com/questions/1533493
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Russian質問
この質問に答えはこちら
私はラインの困難につ大dataframe.って比較的恵まれた回避の改革の問題を抱えるもと私はひどいです。
私の現在のdataframeするとどうなるのかわかりません
unique_id seq response detailed.name treatment
a N1 123.23 descr. of N1 T1
a N2 231.12 descr. of N2 T1
a N3 231.23 descr. of N3 T1
...
b N1 343.23 descr. of N1 T2
b N2 281.13 descr. of N2 T2
b N3 901.23 descr. of N3 T2
...
ていただきたいと思いますように:
seq detailed.name T1 T2
N1 descr. of N1 123.23 343.23
N2 descr. of N2 231.12 281.13
N3 descr. of N3 231.23 901.23
また、"カギ不要期間"はパッケージですが、なんなのかどうかに変換する処理の要因に個々のカラム名になってしまいます
よろしく！
編集：またこのママ(4GBデュアル-コアiMac3.06Ghz)で失敗：
> d.tmp.2 <- cast(d.tmp, `SEQ_ID` + `GENE_INFO` ~ treatments)
Aggregation requires fun.aggregate: length used as default
R(5751) malloc: *** mmap(size=647168) failed (error code=12)
*** error: can't allocate region
*** set a breakpoint in malloc_error_break to debug
も試してみようと思いることを一つの大きな機械をいただくとチャンスです。
解決
リシェイプはいつもあまりにも私には難しいようだが、常に少し試行錯誤で動作するようです。ここに私が見つけてしまったものです。
> x
unique_id seq response detailed.name treatment
1 a N1 123.23 dN1 T1
2 a N2 231.12 dN2 T1
3 a N3 231.23 dN3 T1
4 b N1 343.23 dN1 T2
5 b N2 281.13 dN2 T2
6 b N3 901.23 dN3 T2
> x2 <- melt(x, c("seq", "detailed.name", "treatment"), "response")
> x2
seq detailed.name treatment variable value
1 N1 dN1 T1 response 123.23
2 N2 dN2 T1 response 231.12
3 N3 dN3 T1 response 231.23
4 N1 dN1 T2 response 343.23
5 N2 dN2 T2 response 281.13
6 N3 dN3 T2 response 901.23
> cast(x2, seq + detailed.name ~ treatment)
seq detailed.name T1 T2
1 N1 dN1 123.23 343.23
2 N2 dN2 231.12 281.13
3 N3 dN3 231.23 901.23
あなたの元のデータは、長い形式ではなく、/キャスト用途を溶融長い形式ですでにでした。だから私はそれを再溶融しました。第二引数（id.vars）が溶融していないもののリストです。第三引数（measure.vars）が異なるもののリストです。
次に、キャストは以下の式を使用しています。チルダの左側そのままとどまるものであり、チルダの右側には、値列を調整するために使用されている列です。
多かれ少なかれ...！
他のヒント
ハーランの答え上の建物 - 。データが長い形式で既にある、と値を保持するカラムがcast呼び出しで指定された場合は再溶融ステップを回避することができます。
> x <- read.table(textConnection(" unique_id seq response detailed.name treatment
+ 1 a N1 123.23 dN1 T1
+ 2 a N2 231.12 dN2 T1
+ 3 a N3 231.23 dN3 T1
+ 4 b N1 343.23 dN1 T2
+ 5 b N2 281.13 dN2 T2
+ 6 b N3 901.23 dN3 T2"))
>
> cast(x, seq + detailed.name ~ treatment, value = "response")
seq detailed.name T1 T2
1 N1 dN1 123.23 343.23
2 N2 dN2 231.12 281.13
3 N3 dN3 231.23 901.23
別のオプションはspreadからtidyrを使用することです。
library(tidyr)
Wide1 <- spread(x[-1], treatment, response)
Wide1
# seq detailed.name T1 T2
#1 N1 dN1 123.23 343.23
#2 N2 dN2 231.12 281.13
#3 N3 dN3 231.23 901.23
反対アクションがgatherによって実行される
gather(Wide1, detailed.name, response, T1:T2)
# seq detailed.name detailed.name response
#1 N1 dN1 T1 123.23
#2 N2 dN2 T1 231.12
#3 N3 dN3 T1 231.23
#4 N1 dN1 T2 343.23
#5 N2 dN2 T2 281.13
#6 N3 dN3 T2 901.23
また、dcast.data.tableからdata.tableがある
library(data.table)
dcast.data.table(setDT(x), seq + detailed.name~treatment,
value.var='response')
# seq detailed.name T1 T2
#1: N1 dN1 123.23 343.23
#2: N2 dN2 231.12 281.13
#3: N3 dN3 231.23 901.23
データ
x <- structure(list(unique_id = structure(c(1L, 1L, 1L, 2L, 2L, 2L
), .Label = c("a", "b"), class = "factor"), seq = structure(c(1L,
2L, 3L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("N1", "N2", "N3"), class = "factor"),
response = c(123.23, 231.12, 231.23, 343.23, 281.13, 901.23
), detailed.name = structure(c(1L, 2L, 3L, 1L, 2L, 3L), .Label = c("dN1",
"dN2", "dN3"), class = "factor"), treatment = structure(c(1L,
1L, 1L, 2L, 2L, 2L), .Label = c("T1", "T2"), class = "factor")), .Names =
c("unique_id", "seq", "response", "detailed.name", "treatment"), class =
"data.frame", row.names = c(NA, -6L))
またreshapeパッケージにstats機能を使用することができます。私はあなたのサンプルデータセットを持っていないが、それは次のようになります。
reshape(x, idvar=c("seq","detailed.name"), timevar="treatment", direction="wide")
あなたはreshape2パッケージのより速く、より効率的なメモリの書き換えであるreshapeを、使用して同じ結果を得たい場合は、次のように動作します。
主な変更点は、あなたが出力としてdcastでcastしたいdata.frame機能を使用することです。これはcastのreshape機能を置き換えます。
library(reshape2)
x = read.table(text = "unique_id seq response detailed.name treatment
a N1 123.23 dN1 T1
a N2 231.12 dN2 T1
a N3 231.23 dN3 T1
b N1 343.23 dN1 T2
b N2 281.13 dN2 T2
b N3 901.23 dN3 T2",
sep = "", header = TRUE)
x
y <- dcast(x, seq + detailed.name ~ treatment, value.var = "response")
y
# seq detailed.name T1 T2
# 1 N1 dN1 123.23 343.23
# 2 N2 dN2 231.12 281.13
# 3 N3 dN3 231.23 901.23
# EDIT to show how to return to the original data set:
melt(y, id.vars=c('seq', 'detailed.name'), variable.name='T', value.name='response')
# seq detailed.name T response
# 1 N1 dN1 T1 123.23
# 2 N2 dN2 T1 231.12
# 3 N3 dN3 T1 231.23
# 4 N1 dN1 T2 343.23
# 5 N2 dN2 T2 281.13
# 6 N3 dN3 T2 901.23
