データフレームをバイナリファイルとして保存する

Question

ファイルが占有するスペースを最小限に抑えながら、比較的大きなデータフレームを大量に保存したいと思います。ファイルを開くとき、ワークスペースで指定する名前を制御できるようにする必要があります。

基本的に、dputとdgetの意味を探していますが、バイナリファイルを使用しています。

例：

n<-10000

for(i in 1:100){
    dat<-data.frame(a=rep(c("Item 1","Item 2"),n/2),b=rnorm(n),
        c=rnorm(n),d=rnorm(n),e=rnorm(n))
    dput(dat,paste("data",i,sep=""))
}


##much later


##extract 3 random data sets and bind them
for(i in 1:10){
    nums<-sample(1:100,3)
    comb<-rbind(dget(paste("data",nums[1],sep="")),
            dget(paste("data",nums[2],sep="")),
            dget(paste("data",nums[3],sep="")))
    ##do stuff here
}

Answer 1

最善の策はrdaファイルを使用することです。 save（）および load（）コマンドを使用して、書き込みおよび読み取りを行うことができます。

set.seed(101)
a = data.frame(x1=runif(10), x2=runif(10), x3=runif(10))

save(a, file="test.rda")
load("test.rda")

編集：完全を期すため、Harlanの提案がどのように見えるかをカバーするために（つまり、データフレームを返すためにloadコマンドをラップする）：

loadx <- function(x, file) {
  load(file)
  return(x)
}  

loadx(a, "test.rda")

---

別の方法として、hdf5、RNetCDF、ncdfパッケージをご覧ください。過去に hdf5パッケージを試しました。これは、 NCSA HDF5ライブラリを使用します。とても簡単です：

hdf5save(fileout, ...)
hdf5load(file, load = TRUE, verbosity = 0, tidy = FALSE)

最後のオプションはバイナリファイル接続を使用することですが、readBinとwriteBinはベクターのみをサポートしているため、これはうまく機能しません：

これは簡単な例です。最初に＆quot; w＆quot;でデータを書き込みます＆quot; b＆quot;を追加します接続へ：

zz <- file("testbin", "wb")
writeBin(1:10, zz)
close(zz)

次に、「r」でデータを読み取ります。 ＆quot; b＆quot;を追加します接続へ：

zz <- file("testbin", "rb")
readBin(zz, integer(), 4)
close(zz)

Answer 2

saveRDS および readRDS をご覧ください。これらはシリアル化のための関数です。

x = data.frame(x1=runif(10), x2=runif(10), x3=runif(10))

saveRDS(x, file="myDataFile.rds")
x <- readRDS(file="myDataFile.rds")