PDB 파일에서 체인을 추출하는 방법은 무엇입니까?

StackOverflow https://stackoverflow.com//questions/11685716

문제

PDB 파일에서 체인을 추출하고 싶습니다.아래 그림과 같이 PDB ID가 포함 된 PDB ID라는 파일이 있습니다.첫 번째 네 문자는 PDB ID를 나타내고 마지막 문자는 체인 ID입니다. 

1B68A 
1BZ4B
4FUTA
.

i) 1) 라인별로 파일 행을 읽으십시오. 2) 해당 PDB 파일에서 각 체인의 원자 좌표를 다운로드하십시오.
3) 출력을 폴더에 저장하십시오.

나는 다음 스크립트를 사용하여 체인을 추출했습니다.그러나이 코드는 PDB 파일의 체인 만 인쇄합니다. 

for i in 1B68 1BZ4 4FUT
do 
wget -c "http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId="$i -O $i.pdb
grep  ATOM $i.pdb | grep 'A' > $i\_A.pdb
done
.

도움이 되었습니까?

해결책

다음 생물학적 코드는 귀하의 요구 사항에 맞게되어야합니다.

PDB.Select를 사용하여 원하는 체인 (케이스 하나 체인) 및 PDBIO() 만 선택하여 체인 만 포함 된 구조를 만듭니다. 

import os
from Bio import PDB


class ChainSplitter:
    def __init__(self, out_dir=None):
        """ Create parsing and writing objects, specify output directory. """
        self.parser = PDB.PDBParser()
        self.writer = PDB.PDBIO()
        if out_dir is None:
            out_dir = os.path.join(os.getcwd(), "chain_PDBs")
        self.out_dir = out_dir

    def make_pdb(self, pdb_path, chain_letters, overwrite=False, struct=None):
        """ Create a new PDB file containing only the specified chains.

        Returns the path to the created file.

        :param pdb_path: full path to the crystal structure
        :param chain_letters: iterable of chain characters (case insensitive)
        :param overwrite: write over the output file if it exists
        """
        chain_letters = [chain.upper() for chain in chain_letters]

        # Input/output files
        (pdb_dir, pdb_fn) = os.path.split(pdb_path)
        pdb_id = pdb_fn[3:7]
        out_name = "pdb%s_%s.ent" % (pdb_id, "".join(chain_letters))
        out_path = os.path.join(self.out_dir, out_name)
        print "OUT PATH:",out_path
        plural = "s" if (len(chain_letters) > 1) else ""  # for printing

        # Skip PDB generation if the file already exists
        if (not overwrite) and (os.path.isfile(out_path)):
            print("Chain%s %s of '%s' already extracted to '%s'." %
                    (plural, ", ".join(chain_letters), pdb_id, out_name))
            return out_path

        print("Extracting chain%s %s from %s..." % (plural,
                ", ".join(chain_letters), pdb_fn))

        # Get structure, write new file with only given chains
        if struct is None:
            struct = self.parser.get_structure(pdb_id, pdb_path)
        self.writer.set_structure(struct)
        self.writer.save(out_path, select=SelectChains(chain_letters))

        return out_path


class SelectChains(PDB.Select):
    """ Only accept the specified chains when saving. """
    def __init__(self, chain_letters):
        self.chain_letters = chain_letters

    def accept_chain(self, chain):
        return (chain.get_id() in self.chain_letters)


if __name__ == "__main__":
    """ Parses PDB id's desired chains, and creates new PDB structures. """
    import sys
    if not len(sys.argv) == 2:
        print "Usage: $ python %s 'pdb.txt'" % __file__
        sys.exit()

    pdb_textfn = sys.argv[1]

    pdbList = PDB.PDBList()
    splitter = ChainSplitter("/home/steve/chain_pdbs")  # Change me.

    with open(pdb_textfn) as pdb_textfile:
        for line in pdb_textfile:
            pdb_id = line[:4].lower()
            chain = line[4]
            pdb_fn = pdbList.retrieve_pdb_file(pdb_id)
            splitter.make_pdb(pdb_fn, chain)
.

하나의 마지막 참고 사항 : PDB 파일에 대해 자신의 파서 을 작성하지 마십시오.형식 사양은 추악한 ( 정말 추악한 )이며 결함이있는 PDB 파일의 양은 비틀 거리고 있습니다.구문 분석을 처리 할 Biopython과 같은 도구를 사용하십시오!

wget를 사용하는 대신 PDB 데이터베이스와 상호 작용하는 도구를 사용해야합니다.FTP 연결 제한을 고려하여 PDB 데이터베이스의 변경 성격 등을 사용합니다.알아야합니다 - i relince_noreferrer"> 데이터베이스의 변경 사항을 확인하십시오.=)

다른 팁

다음 파일이 PDB_Structures

를 알려줍니다. 
1B68A 
1BZ4B
4FUTA
.

다음에 load_pdb.sh

에 코드가 있습니다. 
while read name
do
    chain=${name:4:1}
    name=${name:0:4}
    wget -c "http://www.pdb.org/pdb/download/downloadFile.do?fileFormat=pdb&compression=NO&structureId="$name -O $name.pdb
    awk -v chain=$chain '$0~/^ATOM/ && substr($0,20,1)==chain {print}' $name.pdb > $name\_$chain.pdb
    #   rm $name.pdb
done
.

원래 PDB가 필요하지 않은 경우 마지막 줄의 주석 처리를 제거합니다.
실행 

cat pdb_structures | ./load_pdb.sh
.

아마도이 질문을 asnwering의 경우 조금 늦었을 것입니다. 그러나 나는 제 의견을 제시 할 것입니다. Biopython 쉽게 생각하는 데 도움이되는 몇 가지 실제로 편리한 기능이 있습니다.사용자 정의 선택 클래스와 같은 것을 사용할 수 있고 원래의 PDB 파일을 사용하여 루프에서 선택할 체인 중 하나에 대해 호출 할 수 있습니다. 

    from Bio.PDB import Select, PDBIO
    from Bio.PDB.PDBParser import PDBParser

    class ChainSelect(Select):
        def __init__(self, chain):
            self.chain = chain

        def accept_chain(self, chain):
            if chain.get_id() == self.chain:
                return 1
            else:          
                return 0

    chains = ['A','B','C']
    p = PDBParser(PERMISSIVE=1)       
    structure = p.get_structure(pdb_file, pdb_file)

    for chain in chains:
        pdb_chain_file = 'pdb_file_chain_{}.pdb'.format(chain)                                 
        io_w_no_h = PDBIO()               
        io_w_no_h.set_structure(structure)
        io_w_no_h.save('{}'.format(pdb_chain_file), ChainSelect(chain))
.

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