조합 확장을 이용한 구조 구조 정렬

Question

조합 확장 (CE)을 사용하여 잔류 물을 고려한 두 시퀀스의 구조 구조 정렬을 수행하는 공구를 찾으려고합니다.나는 단백질 데이터 뱅크가 제공하는 조합 확장을 기반으로하는 도구를 발견했습니다 : http://source.rcsb.org/jfatcatserver/ 그러나 Python 모듈이 있는지 또는 구현할 수있는 구조 정렬 구조에 대한 구조가 있는지 궁금해하고있었습니다.BIO.PDB의 구조 정렬 도구를 발견했지만 가려지지 않습니다.이 메소드를 구현하는 파이썬 모듈이나 라이브러리가 있습니까?고마워.

Answer 1

[의견으로 적합하지 않음]

나는 랩이 존재한다는 것을 의심합니다.콘솔에 명령을 사용하여 자신의 가려움증을 긁어 내야합니다. 그런 다음 subprocess.Popen()에 넣으십시오.래퍼는 직장에서 당신을 저장하지 않습니다.

from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline

muscle_cline = MuscleCommandline(input="opuntia.fasta")
stdout, stderr = muscle_cline()

align = AlignIO.read(stdout, "fasta")

.

는 다음과 같습니다 :

import subprocess

proc = subprocess.Popen(["muscle", "-in", "opuntia.fasta"],
                        stdout=subprocess.PIPE,
                        stderr=subprocess.PIPE)

align = AlignIO.read(proc.stdout, "fasta")

.

아마도이 코드를 BioEdit의 외부 명령과 같이 더 큰 앱 안에 넣으면 사용자 입력이 랩핑 된 명령이 기대하는 값에 맞지 않거나 필요한 플래그가있는 경우 ...래퍼가 빛나는