R의 glm 모델에서 상관 행렬을 검색하는 방법

Question

nlme 패키지의 gls 기능을 사용하고 있습니다.다음 코드를 복사하여 붙여넣어 분석을 재현할 수 있습니다.

library(nlme)  # Needed for gls function

# Read in wide format
tlc = read.table("http://www.hsph.harvard.edu/fitzmaur/ala2e/tlc.dat",header=FALSE)
names(tlc) = c("id","trt","y0","y1","y4","y6")
tlc$trt = factor(tlc$trt, levels=c("P","A"), labels=c("Placebo","Succimer"))

# Convert to long format
tlc.long = reshape(tlc, idvar="id", varying=c("y0","y1","y4","y6"), v.names="y", timevar="time", direction="long")

# Create week numerical variable
tlc.long$week = tlc.long$time-1
tlc.long$week[tlc.long$week==2] = 4
tlc.long$week[tlc.long$week==3] = 6

tlc.long$week.f = factor(tlc.long$week, levels=c(0,1,4,6))

실제 분석은 여기에서 시작됩니다.

# Including group main effect assuming unstructured covariance:
mod1 = gls(y ~ trt*week.f, corr=corSymm(, form= ~ time | id), 
       weights = varIdent(form = ~1 | time), method = "REML", data=tlc.long)
summary(mod1)

요약(mod1)에서 검색하고 싶은 결과의 다음 부분이 중요합니다.

Correlation Structure: General
 Formula: ~time | id 
 Parameter estimate(s):
 Correlation: 
  1     2     3    
2 0.571            
3 0.570 0.775      
4 0.577 0.582 0.581
Variance function:
 Structure: Different standard deviations per stratum
 Formula: ~1 | time 
 Parameter estimates:
       1        2        3        4 
1.000000 1.325880 1.370442 1.524813 

내가 얻을 수 있는 가장 가까운 방법은 다음 방법을 사용하는 것입니다.

temp = mod1$modelStruct$varStruct
Variance function structure of class varIdent representing
       1        2        3        4 
1.000000 1.325880 1.370442 1.524813 

하지만 임시로 저장한 내용이 무엇이든 다섯 개의 숫자를 알아낼 수 없습니다.as.numeric(temp) 및 unclass(temp)를 시도했지만 어느 것도 작동하지 않습니다.5개의 숫자를 깨끗한 숫자 벡터로 얻을 수 있는 방법은 없습니다.

미리 감사드립니다!

Answer 1

당신이 달릴 때 mod1$modelStruct$varStruct R 콘솔에서 R은 먼저 클래스를 검사합니다.

> class(mod1$modelStruct$varStruct)
[1] "varIdent" "varFunc" 

그런 다음 해당 항목을 발송합니다. print 기능.이 경우에는 nlme:::print.varFunc.즉, 실행되는 실제 명령은 다음과 같습니다. nlme:::print.varFunc(mod1$modelStruct$varStruct).

당신이 실행하는 경우 nlme:::print.varFunc, 함수 본문을 볼 수 있습니다.

function (x, ...) 
{
    if (length(aux <- coef(x, uncons = FALSE, allCoef = TRUE)) > 
        0) {
        cat("Variance function structure of class", class(x)[1], 
            "representing\n")
        print(aux, ...)
    }
    else {
        cat("Variance function structure of class", class(x)[1], 
            "with no parameters, or uninitialized\n")
    }
    invisible(x)
}
<bytecode: 0x7ff4bf688df0>
<environment: namespace:nlme>

그것이 하는 일은 coef 인쇄하고 평가되지 않은 x 보이지 않게 반환됩니다.

따라서 cor/var을 얻으려면 다음이 필요합니다.

coef(mod1$modelStruct$corStruct, uncons = FALSE, allCoef = TRUE)
coef(mod1$modelStruct$varStruct, uncons = FALSE, allCoef = TRUE)