Como escrever alguns dados R em um arquivo .csv?

Question

Estou tentando exportar alguns valores de saída amostrados de Jags para o formato .csv para executar análises adicionais em r, mas obtive alguns problemas.

> 
> codaSamples
[[1]]
Markov Chain Monte Carlo (MCMC) output:
Start = 4001 
End = 14000 
Thinning interval = 1 
           pai     theta[1]     theta[2]   theta[3]   theta[4]
[1,] 0.9774972 0.0081192689 0.0101738296 0.06981109 0.10674466
[2,] 0.9527935 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[3,] 0.9467507 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[4,] 0.9514251 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[5,] 0.9419245 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[6,] 0.9914296 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[7,] 0.9903451 0.0076402088 0.0099482287 0.07593964 0.11060883
[8,] 0.9917113 0.0064704730 0.0095551321 0.06748512 0.11033123
...
... 

[10000,] 0.9917113 0.0064704730 0.0095551321 0.06748512 0.11033123

> write.csv(codaSamples,"CODASAMPLES.csv",row.names=FALSE)
Error in as.data.frame.default(x[[i]], optional = TRUE, stringsAsFactors =       stringsAsFactors) : 
cannot coerce class '"mcmc.list"' into a data.frame

Answer 1

uma mcmc.list Pode conter várias cadeias, você deseja selecionar a cadeia que deseja ao escrever para o arquivo CSV:

write.csv(codaSamples[[1]], "CODASAMPLES.csv",row.names=FALSE)

Deveria fazer a "coisa certa", embora eu não tenha uma corrente para testar isso no momento.

Answer 2

write.table espera um quadro de dados ou uma matriz (se você não passar, ele tentará coagir). Se você olhar para a estrutura de codaSamples com por exemplo str(codaSamples) Você verá que é um objeto de lista com elementos que são listas ou quadros de dados ou matrizes (não sei o que realmente é). Se for misturado assim, write.table Não tem idéia de como transformá -lo em um CSV.

Se você deseja selecionar apenas a matriz, você pode encontrar o nome do elemento com names(codaSamples) ou novamente de str(codaSamples) E então faça algo como sample.mcmc <- codaSamples[['Matrix']] Ou seja o que for o nome, então você poderá salvar sample.mcmc para um arquivo como você tem.