Uma maneira de fazer uma página de manutenção é usar o recurso app_offline.htm do IIS. Usando esse recurso, você poderá mostrar a mesma página HTML para todos os seus usuários notificando -os sobre a manutenção.
Há um bom post aqui em Stackoverflow sobre isso. ASP.NET 2.0 - Como usar app_offline.htm.
Outra coisa que você poderia fazer é notificar seus usuários de que existe uma manutenção programada para que eles também estejam cientes e parem de usar o aplicativo.
Tudo depende do tempo que você precisa para atualizar seu aplicativo. Se a atualização é fazer o upload dos novos arquivos e não levar mais de um minuto ou dois, é mais provável que seus usuários não o vejam.