Eu encontrei a solução. O motivo foi realmente engraçado.
Module.Import()
O método deve ser chamado do módulo atual que queremos modificar, não o módulo em que o método é definido. Não está claro do original documentos.
Por exemplo, queremos adicionar algum método definido no Referenced.dll
montagem para o nosso Main.dll
conjunto. Então temos que encontrar o módulo principal do nosso Main.dll
montagem e depois ligar MainModule.Import(methodFromReferencedAssembly);