ANOVA entre objetos em duas listas
Pergunta
Quero realizar uma ANOVA entre objetos armazenados em duas listas separadas, mas em vez de executá-los um de cada vez, como este
> anova(output.02[[1]], output.03[[1]])
Model df AIC BIC logLik Test L.Ratio p-value
output.02[[1]] 1 9 11221.77 11279.72 -5601.884
output.03[[1]] 2 13 11222.90 11306.60 -5598.450 1 vs 2 6.868822 0.143
> anova(output.02[[2]], output.03[[2]])
Model df AIC BIC logLik Test L.Ratio p-value
output.02[[2]] 1 9 10976.36 11034.31 -5479.182
output.03[[2]] 2 13 10974.90 11058.60 -5474.449 1 vs 2 9.465378 0.0505
Gostaria de utilizar um loop para realizar uma ANOVA entre os objetos de cada lista.Tentei usar a função mapply, mas a saída não produziu os resultados esperados.
> mapply(anova, output.02, output.03)
zimmrec zdelrec zdigiback zspotword zsdmt zglobcog zmmse
call factor,2 factor,2 factor,2 factor,2 factor,2 factor,2 factor,2
Model Integer,2 Integer,2 Integer,2 Integer,2 Integer,2 Integer,2 Integer,2
df Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2
AIC Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2
BIC Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2
logLik Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2
Test factor,2 factor,2 factor,2 factor,2 factor,2 factor,2 factor,2
L.Ratio Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2
p-value Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2 Numeric,2
Alguma sugestão sobre como posso fazer isso?
Obrigado
Editar:Exemplo reproduzível
attach(Orthodont)
set.seed(1234)
#example response variables
Orthodont$v1 <- rnorm(n=108, mean=20, sd=1)
Orthodont$v2 <- rnorm(n=108, mean=31, sd=2.8)
Orthodont$v3 <- rnorm(n=108, mean=15, sd=1.5)
head(Orthodont)
#function to loop the response variables through a lme function
#produces first batch of models
myfunc <- function(X){
lapply(X, function(.col){
y <- .col
out <- with(Orthodont, lme(y ~ age, random = ~ age | Subject, method = "ML", na.action = na.exclude, control = lmeControl(opt = "optim")))
out
})
}
output.02 <- myfunc(Orthodont[5:7]) #first list of models
myfunc2 <- function(X){
lapply(X, function(.col){
y <- .col
out <- with(Orthodont, lme(y ~ age + Sex, random = ~ age | Subject, method = "ML", na.action = na.exclude, control = lmeControl(opt = "optim")))
out
})
}
output.03 <- myfunc2(Orthodont[5:7])# second list of models
#anova for each pair of models
anova(output.02[[1]], output.03[[1]])
anova(output.02[[2]], output.03[[2]])
anova(output.02[[3]], output.03[[3]])
#mapply function
mapply(anova, output.02, output.03)
Solução
Use o SIMPLIFY
parâmetro:
mapply(anova, output.02, output.03, SIMPLIFY=FALSE)
#$v1
# Model df AIC BIC logLik Test L.Ratio p-value
#dots[[1L]][[1L]] 1 6 324.4204 340.5132 -156.2102
#dots[[2L]][[1L]] 2 7 326.2229 344.9978 -156.1115 1 vs 2 0.1974693 0.6568
#
#$v2
# Model df AIC BIC logLik Test L.Ratio p-value
#dots[[1L]][[2L]] 1 6 524.0956 540.1884 -256.0478
#dots[[2L]][[2L]] 2 7 525.7577 544.5326 -255.8788 1 vs 2 0.337934 0.561
#
#$v3
# Model df AIC BIC logLik Test L.Ratio p-value
#dots[[1L]][[3L]] 1 6 387.4002 403.4930 -187.7001
#dots[[2L]][[3L]] 2 7 389.1333 407.9082 -187.5667 1 vs 2 0.266947 0.6054
Outras dicas
Você poderia usar sapply
MyRes <- sapply(1:length(output.02), function(x) {
anova(output.02[[x]], output.03[[x]])})
Licenciado em: CC-BY-SA com atribuição
Não afiliado a StackOverflow