O Paraview pode ler meu arquivo NetCDF4 (HDF5)

Question

Entendo que o paraview pode ler arquivos netcdf clássicos por meio de seu back-end VTK.No entanto, depois de várias tentativas, não consigo ler um arquivo netcdf 4 que usa o modelo de dados aprimorado.Eu gostaria de usar o novo formato de arquivo, pois permite saída paralela com MPI.

Compilei um dos programas C de exemplo de http://www.unidata.ucar.edu/software/netcdf/examples/programs/ alterando o sinalizador de criação para NC_NETCDF4 e tentei abrir o arquivo resultante no paraview (v4.0.1), que instalei através do gerenciador de pacotes do Ubuntu.Sempre me diz que “Um leitor (...) não foi encontrado.Por favor escolha um:(...) "No entanto, nenhum dos leitores para escolher pode realmente ler o arquivo.

Alguém pode me dizer se

• paraview simplesmente não consegue abrir arquivos netcdf 4, ou

• precisa de algum tipo de sinalizador de instalação e uma reinstalação

• existe alguma opção milagrosa no paraview que ainda não encontrei?

Answer 1

A solução foi baixar uma versão atual do site de download do KitWare em vez de um no Gerenciador de Pacotes do Ubuntu.Aparentemente há algumas bandeiras de instalação definidas erradas no pacote paraView do Ubuntu.

Answer 2

xmdf arquivos me ajudaram a ler netcdf arquivos com versões mais antigas do paravisão também.

Eu os uso para lidar com outro problema, na verdade que não tenho certeza se é importante para você ou não, netcdf os arquivos são salvos com base no índice da matriz.Se você deseja visualizá-los em paravisão com as coordenadas físicas corretas, acho que a única maneira é criar um xmdf arquivo. não tenho certeza se é a única maneira, por favor, comente se existem outras maneiras, também dê uma olhada no meu pergunta sobre isso:

Um exemplo de arquivo xmdf se parece com isso:

<?xml version="1.0" ?>
<!DOCTYPE Xdmf SYSTEM "Xdmf.dtd" []>
<Xdmf xmlns:xi="http://www.w3.org/2001/XInclude" Version="2.0">
   <Domain>
      <Grid Name="gridxyz">
        <Topology TopologyType="3DSMesh" NumberOfElements="064 0129 0513">
        </Topology>
<!-- Read Coordinates -->
        <Geometry GeometryType="X_Y_Z">
           <DataItem Name="X" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridx
           </DataItem>
           <DataItem Name="Y" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridy
           </DataItem>
           <DataItem Name="Z" Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                       grid.nc:/gridz
           </DataItem>
        </Geometry>
<!-- Read Scalar -->
        <Attribute Name="ux1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/ux1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uy1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc/uy1
           </DataItem>
        </Attribute>
        <Attribute Name="uz1" AttributeType="Scalar" Center="node">
           <DataItem Format="HDF" NumberType="Float" Precision="8" Dimensions="0064 0129 0513">
                fields021.nc:/uz1
           </DataItem>
        </Attribute>
     </Grid>
   </Domain>
</Xdmf>

Answer 3

Eu tive esse mesmo problema com o Paraview 5.5.0-RC3 no OS X.Foi resolvido salvando o arquivo NetCDF em 'modo clássico', do seguinte modo:

from netCDF4 import Dataset
foo_dataset = Dataset("foo.nc", "w", format="NETCDF4_CLASSIC")