Melhorando o layout do GraphViz

Question

Tenho paralisia de perfeição quando se trata de produzir algo gráfico. Se as simetrias do visual não foram totalmente exploradas, tenho mais dificuldade em compreender o que está acontecendo. Também sou um aluno muito visual e adoro simplificar as coisas que acabei de aprender e desenhá -las no papel.

GraphViz é uma boa ferramenta para desenhar coisas automaticamente, mas pode ser melhor. Vamos começar com um exemplo de um bom gráfico) uma máquina de estado). Não importa a qualidade (pode ser redesenhado com uma ferramenta melhor), esta é quase perfeita, exceto que eu o transformaria no sentido anti-horário de 45 graus para tornar a simetria aparente. Em seguida, deve levar o leitor menos tempo para descobrir como os estados Q1 e Q2 são semelhantes e como eles diferem. Argumento que existe uma única maneira de representar esse diagrama, já que não há outras peças de gráfico ao lado dele.

_{(fonte: Gallery.hd.org)}

Agora, vejamos uma representação menos do que perfeita:

_{(fonte: Softpedia.com)}

Parece algo que um GraphViz geraria. Sim, as bordas são suaves, mas gaaaawwwd, isso é desnecessário confuso! Parece um mapa mental, não um diagrama acabado pronto para o consumo. Eu acredito que os olhos humanos desejam (não menos) simetria. Sim, hierarquia, etc. também são fatores importantes.

Estou surpreso que não haja algoritmos melhores disponíveis. Algumas pessoas não são aprendizes visuais; Eles podem entender conceitos abstratos lendo símbolos. Eu não!

Então, qual é a minha pergunta? Bem, há melhor software livre disponível para desenhar gráficos pequenos a médicos? Talvez

Obrigada!

Deixe -me saber como posso melhorar este post.

PS, levei 10 minutos para desenhar um clone semelhante o suficiente no DIA. Ainda não é perfeito, mas era conveniente fazer, porque tudo se encaixa na grade (e eu perdi alguns pequenos detalhes, mas não sinto vontade de reaplorar). O LR_0 precisa de um "Start --->" vindo de cima para deixar o usuário entender o estado inicial mais cedo.

Answer 1

Depois de várias tentativas de desenhar seu gráfico e não conseguir um layout que você considera "melhor", você fez a pergunta aqui: Existe [b] software livre [para] desenhar gráficos pequenos a médicos". O critério exclusivo que você deu para avaliar os algoritmos de layout é o quão próximo eles chegam à "melhor maneira de representar esse diagrama". "Melhor", é claro, deixou para você decidir.

Isso é mais ou menos o mesmo que tentar resolver um problema usando uma determinada linguagem de programação, falhando e solicitando uma melhor linguagem de programação.

No coração dos algoritmos de desenho de gráficos estão as rotinas de otimização que geram soluções de avaliação ('Solução' aqui refere -se às coordenadas para cada nó que juntos compreendem um layout). Essas soluções são avaliadas de acordo com a minimização de um único critério ou uma série de critérios classificados-a minimização de um ou mais atributos do gráfico-por instância, o número total de arestas que cruzam ou a soma das distâncias entre nós (ou a combinação de ambos, ou alguma combinação ponderada desses dois), ou a proximidade de uma configuração simétrica. O GraphViz é composto por seis algoritmos de layout diferentes (ponto pato, FDP, SFDP, TWOPI e CIRO). Destes, parece que você só usou ponto; No entanto, Twopi e Circo podem ter sido melhores opções, dadas suas rigorosas restrições de simetria que parecem corresponder à sua própria idéia de um gráfico corretamente desenhado.

Segundo, o texto da sua pergunta é direcionado para "gráficos" e desenho de gráficos, depois de ler sua descrição completa, não acho que sua pergunta tenha nada a ver com nenhum dos conceitos.

Além dos algoritmos gerais de desenho de gráficos (como o GraphViz), existem vários algoritmos de layout específicos de domínio, por exemplo, diagramas HASSE (para representar conjuntos parcialmente ordenados em teoria da ordem), gráficos Barabasi-Albert (redes sem escala) e e e redes sem escala e e sem escala) e e redes e redes sem escala e e sem escala), e e as redes e redes sem escala) e as redes sem escala e e as redes sem escala e e as redes sem escala e e as redes e sem escala) e Erdos-Renyi (gráficos aleatórios). Cada um desses algoritmos produz um layout de gráfico com base em critérios e restrições fornecidas pelo domínio-isso deve indicar a você que não há um único layout "melhor" em todos os domínios. Embora você tenha usado o termo "gráfico" em sua pergunta, sua descrição indica que seu problema está relacionado ao desenho de máquinas de estado-um tipo de gráfico altamente idiossincrático. Os algoritmos de desenho de gráficos gerais geralmente são ruins em desenhar gráficos especializados desse tipo, porque o algoritmo não sabe nada sobre o domínio. Na verdade, não estou ciente de nenhum algoritmo de layout para diagramas de estado-assim como não há um para diagramas de fluxo (não iguais, mas similares). Em termos de fluxo de trabalho, você pode desenhar o gráfico no GraphViz e importá-lo para o omnigrafle para o ajuste fino-no omnigraffle, você terá controle de granulação fina sobre os posicionamentos do nó e borda.

Answer 2

Existem várias opções que conheço:

• Prefuso - eles têm um Versão Java mais antiga. A versão mais recente está no Flash e tem alguns layouts agradáveis. É chamado Flare prefuso. o página de demonstração ilustra alguns de seus recursos de layout.
• Jung inclui várias opções de layout, bem como suas poderosas funções de análise de gráficos. Existem alguns exemplos aqui.
• O NetworkX também inclui vários recursos de layout. Alguns deles estão listados aqui.

Answer 3

Alguns softwares permitem que os usuários aprimorem os algoritmos de layout em tempo real, desde que os nós em movimento com o mouse. Essa abordagem pode ajudá -lo muito para gráficos maiores.

Eu sei principalmente Gephi (Disclâmer: Eu sou um dev).

Answer 4

Tikz gera belos layouts de gráficos. Você pode usar um layout manual que permite especificar o mínimo de dicas ou solicitar um layout automático. Os padrões são bons e existem ganchos para ajustar a perfeição.

Com o layout semi-manual, você não precisa declarar todos os detalhes, porque você pode

• Declare os nós como sendo 'acima de', 'abaixo do direito de', etc. em relação a outros nós.
• Coloque seus nós em uma varredura, inserindo -os como uma matriz: muito conveniente se você quiser deixar algumas posições vazias.
• Especifique facilmente em que direção as bordas devem entrar, sair, dobrar ou tomar cantos

Para layout automático, Tikz's graphdrawing A biblioteca tem alguns Algoritmos muito lisos.

Aqui está um exemplo de layout manual e o código TEX usado para obtê -lo:

\usepackage{pgf}
\usepackage{tikz}
\usetikzlibrary{arrows,automata}
\usepackage[latin1]{inputenc}
\begin{document}
\begin{tikzpicture}[->,>=stealth',shorten >=1pt,auto,node distance=2.8cm,
                    semithick]
  \tikzstyle{every state}=[fill=red,draw=none,text=white]

  \node[initial,state] (A)                    {$q_a$};
  \node[state]         (B) [above right of=A] {$q_b$};
  \node[state]         (D) [below right of=A] {$q_d$};
  \node[state]         (C) [below right of=B] {$q_c$};
  \node[state]         (E) [below of=D]       {$q_e$};

  \path (A) edge              node {0,1,L} (B)
            edge              node {1,1,R} (C)
        (B) edge [loop above] node {1,1,L} (B)
            edge              node {0,1,L} (C)
        (C) edge              node {0,1,L} (D)
            edge [bend left]  node {1,0,R} (E)
        (D) edge [loop below] node {1,1,R} (D)
            edge              node {0,1,R} (A)
        (E) edge [bend left]  node {1,0,R} (A);
\end{tikzpicture}
\end{document}