Recomendações para o desenvolvimento de documentos de Sweave

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/1379549

  •  21-09-2019
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Pergunta

Estou procurando agilizar meu Arrancrar Criação de documentos, e eu gostaria de ouvir sobre as configurações atuais das pessoas. Eu sinto que o Santo Graal vai algo assim:

  • Editando o código RNW em metade da tela
  • Compilos de encadernação única Sweave Document e executa pdflatex
  • Veja PDF na outra metade da tela; Uma vez compilado, o PDF é atualizado e centrado na parte do documento que você está editando
  • Se a compilação tiver erros, substitua o PDF pelos resultados da compilação (por exemplo, erros de látex ou sweave erros)

Acho que a solução é parte do EMACS/ESS combinada com algum código para o perfil do EMACS e/ou um bom makefile. Mas eu realmente gostaria de ouvir sobre a maneira preferida de todos os documentos de sucar e/ou látex.

Foi útil?

Solução

Alguns outros usuários do R que conversei para usar uma configuração de 'diretor por projeto' e um simples makefile. Como você suspeitava, isso funciona bem com o Emacs/ESS.

Eu tendem a chamar um script de shell simples sweave que eu escrevi antes de 'r cmd sweave' foi adicionado (como eu encontro recriar ou copiar o Makefile Unpurepaning, YMMV). Eu também uso emacs e um visualizador de pdf de refrescamento automático (como okular ou kpdf). O EMACS23 também pode visualizar os arquivos PDF diretamente, mas ainda tenho que mudar meu fluxo de trabalho para isso.

edd@ron:~$ cat bin/sweave
#!/bin/bash -e

function errorexit () {
    echo "Error: $1"
    exit 1
}

function filetest () {
    if [ ! -f $1 ]; then
       errorexit "File $1 not found"
    fi
    return 0
}


if [ "$#" -lt 1 ]; then
    errorexit "Need to specify argument file"
fi


BASENAME=$(basename $1 .Rnw)

RNWFILE=$BASENAME.Rnw
filetest $RNWFILE
echo "library(tools); Sweave(\"$RNWFILE\")" \
      | R --no-save --no-restore --slave

LATEXFILE=$BASENAME.tex
filetest $LATEXFILE && pdflatex $LATEXFILE

Outras dicas

Você pode fazer tudo o que sugere lá com o plug -in Statet para o Eclipse. Isso é o que eu uso para o desenvolvimento do Swove; Entende muito bem o látex e o r, incluindo destaques de sintaxe, etc.

Você pode obtê-lo aqui: http://www.walware.de/goto/statet.

Longhow Lam escreveu um bom guia: http://www.splusbook.com/rintro/r_eclipse_statet.pdf.

http://www.statalgo.com/?p=93

eu uso Texshop no OS X para produzir todo o meu látex e soltar relatórios. Para mim, um novo pipeline de compilação é tão simples quanto adicionar um arquivo, chamado Sweave.engine para ~/Library/TeXShop/Engines/ que contém o seguinte:

#!/usr/bin/env Rscript
args <- commandArgs(T)

fname <- strsplit(args[1],'\\.')[[1]][2]

Sweave(paste(fname,'Rnw',sep='.'))

system(paste('pdflatex',paste(fname,'tex',sep='.')))

O Sweave agora é um método selecionável para compilar um documento dentro da TexShop. Eu posso configurá-lo como o padrão para um documento adicionando o seguinte Hash-Bang no topo do arquivo:

% !TEX TS-program = Sweave

O pressionamento do CMD-T digitará o documento- o PDF aparece automaticamente em uma janela separada. Texshop também incorpora Synctex A tecnologia, portanto, um clique em CMD na fonte RNW destacará a saída correspondente na janela PDF e um clique CMD na janela PDF destacará a entrada correspondente na fonte RNW.

Texshop é apenas para Mac, mas um ótimo clone baseado em QT/Poppler, Texworks, está disponível para Linux, Windows e Mac e suporta muitos dos mesmos recursos-incluindo Tex Hash-Bangs e Synctex. Texworks atingiu um nível de maturidade onde está incluído na versão 2.8 do Miktex Pacote para Windows.

Tentar Rstudio.

Eu tenho sido fã de Emacs e Texshop Como mencionado em respostas anteriores.

No entanto, o RSTUDIO está começando a me conquistar. É um IDE dedicado rapidamente para melhorar a R. definitivamente vale a pena conferir.

Eu ainda amo fazer certas tarefas de desenvolvimento somente R no RI PADRÃO IDE para Mac. Mas para os documentos de Swave e alguns associados R Devel ao mesmo tempo, o RSTUDIO vence. Funciona com ajustes praticamente zero. Não tenho certeza sobre os recursos relacionados ao PDF na segunda metade da pergunta original.

Uma coisa que me salvou algum tempo é o modo 'Auto-Insert' no EMACS. Eu o configurei para que cada vez que eu abra um novo arquivo .RNW, o EMACS configure automaticamente um modelo básico de documento e tudo o que preciso fazer é começar a escrever meu relatório.

ATUALIZAÇÃO: Eu mudei para longe do auto-inserção. Agora eu uso a abordagem "modelo.el".

Eu também uso a abordagem "um diretório por projeto" e o Makefile. Também incluo comandos para criar saída no HTML, que pode ser convertido em OOO e MS Word, usando TTH. Isso é importante para mim, pois muitos dos meus colaboradores são usuários do MS Office e são resistentes a usar a saída PDF. Aprendi muito sobre como fazer isso com o Twiki de Frank Harrell em Vanderbilt.

Pessoalmente, uso GVIM como meu editor de escolha e corrida faço A partir daí, é bastante simples, como é da EMACS.

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