В целом, $(function() { alert("Hello World!"); })
ждет $(document).ready()
и другая функция ( Iife) сразу же.
Но обернутая функция jQuery является очень специфическим вариантом использования (ожидая DOM, используя jQuery); В остальном два примера не связаны. Не путайте их как 2 версии одного и того же.