Я не думаю, что вам нужно настраивать Ember для этого. Простое решение - до загрузки приложения Ember вы можете запустить следующий код.
var url = window.location.toString();
if(url.split('#!').length==1) {
if(url.split('#').length==2) {
window.location = url.split('#')[0]+'#!' + url.split('#')[1];
}
}
По сути, он переписывает URL в #!.
ОБНОВИТЬ: Иначе еще один способ написать выше код в инициализаторах Ember.
Вот JSBIN http://emberjs.jsbin.com/alireto/1#post