Если я правильно понял вашу проблему, у вас есть три репо
- Пульт на GitHub
- Местный житель для развития
- Локальный на вашем проведении сервера
Сначала вы обновили все репо, затем переписали историю на удаленном и разработке и попытались выполнить постановку. К сожалению, в постановке уже была собственная история, поэтому попробуйте следующее на постановке:
git fetch
git reset --hard origin/staging
Это заставит историю при постановке быть переписанной.