Выберите столбцы для тепловой карты в R

Question

Мне снова нужна твоя помощь :)

Я написал сценарий R, который генерирует тепловую карту из заданного файла TXT или XLS, снятого вкладками. На данный момент я удаляю все столбцы, которые я не хочу иметь в тепловой карте вручную в файле XLS. Теперь я хочу автоматизировать его, но я не знаю, как :(

Все интересные столбцы начинаются одинаково во всех файлах XLS, за которым следует отдельное имя:

XLS-FILE 1: L1_TPM_XXXX L2_TPM_XXXX L3_TPM_XXXX

xls-file 2: L1_TPM_XXXX L2_TPM_XXXX L3_TPM_XXXX L4_TPM_XXXX L5_TPM_XXXX

Есть идеи, как выбрать эти столбцы?

Благодарю вас в ожидании, Филипп

Answer 1

Вы можете использовать (если вы прочитали свои данные в Data.Frame df):

df <- df[,grep("^L[[:digit:]]+_tpm.*",colnames(df))]

Или вы можете явно написать нужные столбцы:

df <- df[,c("L1_tpm_xxxx","L2_tpm_xxxx","L3_tpm_xxxx")]

так далее...

Следующее ссылка на сайт довольно полезен ;-)

Answer 2

Если вы думаете, что позиции столбца будут исправлены на листах Excel, самое простое решение - просто использовать индексы столбцов. Например, если вы используете read.table для импорта текстового файла, ограниченного вкладками в качестве data.frame, а затем решите, что вы предпочитаете сохранить только первые два столбца, вы можете сделать что-то вроде этого:

data <- read.table("path_to_file.txt", header=T, sep="\t")
data <- data[,1:2]