Хранение объектов графика в списке

Question

- Спросил я это вчерашний вопрос о сохранении графика внутри объекта.Я попытался реализовать первый подход (осознавая, что я не указал, что использую qplot() в моем первоначальном вопросе) и заметил, что это сработало не так, как ожидалось.

library(ggplot2)               # add ggplot2

string = "C:/example.pdf"      # Setup pdf
pdf(string,height=6,width=9)

x_range <- range(1,50)         # Specify Range

# Create a list to hold the plot objects.
pltList <- list()
pltList[]

for(i in 1 : 16){

# Organise data 
y = (1:50) * i * 1000                       # Get y col
x = (1:50)                                  # get x col
y = log(y)                                  # Use natural log

# Regression
lm.0 = lm(formula = y ~ x)                  # make linear model
inter = summary(lm.0)$coefficients[1,1]     # Get intercept
slop = summary(lm.0)$coefficients[2,1]      # Get slope

# Make plot name
pltName <- paste( 'a', i, sep = '' )

# make plot object    
p <- qplot(
    x, y,   
    xlab = "Radius [km]", 
    ylab = "Services [log]",
    xlim = x_range,
    main = paste("Sample",i)
) + geom_abline(intercept = inter, slope = slop, colour = "red", size = 1)        

print(p)     

pltList[[pltName]] = p       
}

# close the PDF file
dev.off() 

В этом случае я использовал номера примеров, поэтому код выполняется, если он просто скопирован.Я действительно потратил несколько часов, ломая голову над этим, но я не могу понять, что происходит не так.Он без проблем записывает первый набор PDF-файлов, так что у меня есть 16 PDF-файлов с правильными графиками.

Затем, когда я использую этот фрагмент кода:

string = "C:/test_tabloid.pdf"
pdf(string, height = 11, width = 17)

grid.newpage()
pushViewport( viewport( layout = grid.layout(3, 3) ) )

vplayout <- function(x, y){viewport(layout.pos.row = x, layout.pos.col = y)}

counter = 1

# Page 1
for (i in 1:3){    
    for (j in 1:3){     
         pltName <- paste( 'a', counter, sep = '' )   
         print( pltList[[pltName]], vp = vplayout(i,j) )
         counter = counter + 1
     }
 }

 dev.off()

результат, который я получаю, - это последняя линейная линейка моделей (abline) на каждом графике, но данные не меняются.Когда я проверяю свой список графиков, кажется, что все они перезаписываются самым последним графиком (за исключением abline объект).

Менее важный второстепенный вопрос заключался в том, как сгенерировать многостраничный PDF-файл с несколькими графиками на каждой странице, но основной целью моего кода было сохранить графики в списке, к которому я мог бы получить доступ позже.

Answer 1

Хорошо, итак, если ваша команда plot будет изменена на

p <- qplot(data = data.frame(x = x, y = y),
           x, y,   
           xlab = "Radius [km]", 
           ylab = "Services [log]",
           xlim = x_range,
           ylim = c(0,10),
           main = paste("Sample",i)
           ) + geom_abline(intercept = inter, slope = slop, colour = "red", size = 1)           

тогда все работает так, как ожидалось.Вот что, как я подозреваю, происходит (хотя Хэдли, вероятно, могла бы кое-что прояснить).Когда ggplot2 "сохраняет" данные, на самом деле он сохраняет фрейм данных и имена параметров.Итак, за команду в том виде, в каком я ее дал, вы получаете

> summary(pltList[["a1"]])
data: x, y [50x2]
mapping:  x = x, y = y
scales:   x, y 
faceting: facet_grid(. ~ ., FALSE)
-----------------------------------
geom_point:  
stat_identity:  
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

mapping: group = 1 
geom_abline: colour = red, size = 1 
stat_abline: intercept = 2.55595281266726, slope = 0.05543539319091 
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

Однако, если вы не укажете data параметр в qplot, все переменные оцениваются в текущей области видимости, потому что нет прикрепленного (прочитанного:сохраненный) фрейм данных.

data: [0x0]
mapping:  x = x, y = y
scales:   x, y 
faceting: facet_grid(. ~ ., FALSE)
-----------------------------------
geom_point:  
stat_identity:  
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

mapping: group = 1 
geom_abline: colour = red, size = 1 
stat_abline: intercept = 2.55595281266726, slope = 0.05543539319091 
position_identity: (width = NULL, height = NULL)

Таким образом, когда график генерируется во второй раз, вместо того, чтобы использовать исходные значения, он использует текущий значения x и y.

Answer 2

Я думаю, вам следует использовать data аргумент в qplot, т.е. храните ваши векторы во фрейме данных.

Смотрите книгу Хэдли, раздел 4.4:

Ограничение на доступ к данным простое:это должен быть фрейм данных.Это ограничение, в отличие от других графических пакетов в R.Решетчатые функции могут принимать необязательный фрейм данных или использовать векторы непосредственно из глобальной среды....

Данные хранятся в объекте plot как копия, а не как ссылка.Это имеет два важных следствия:если ваши данные изменятся, график не будет отображаться;и объекты ggplot2 полностью автономны, так что их можно сохранить () на диск, а затем загрузить () и отобразить на графике, не требуя ничего другого из этого сеанса.

Answer 3

В вашем коде есть ошибка, касающаяся подписки на список.Это должно быть

pltList[[pltName]]

нет

pltList[pltName]

Примечание:

class(pltList[1])
[1] "list"

pltList[1] - это Список содержащий первый элемент pltList.

class(pltList[[1]])
[1] "ggplot"

pltList[[1]] является первым элемент из pltList.

Answer 4

Ваш второй вопрос: многостраничные PDF-файлы просты - см. help (pdf) :

 onefile: logical: if true (the default) allow multiple figures in one
          file.  If false, generate a file with name containing the
          page number for each page.  Defaults to ‘TRUE’.

По вашему основному вопросу, я не понимаю, хотите ли вы сохранить входные данные заговора в списке для последующей обработки или выходные данные заговора . Если это последнее, я не уверен, что plot () возвращает объект, который вы можете сохранить и получить.

Answer 5

Еще одно предложение, касающееся вашего второго вопроса, - использовать Sweave или Brew, поскольку они дадут вам полный контроль над отображением многостраничного PDF-файла.

Посмотрите этот связанный с этим вопрос .