Переводка от Networkx в Cytoscape

Question

Я хочу использовать NetworkX для создания макета для графика. Возможно ли перенести этот макет цитоскап И нарисуй это там? Я пытался просто написать график как

import networkx as nx
G = nx.Graph()
G.add_edge(0,1,weight=.1)
G.add_edge(2,1,weight=.2)
nx.write_gml(G,'g.gml')
nx.write_graphml(G,'g.xml')

Но ни один из них не читается в Cytoscape. Я не уверен, как перенести график в формате, который может включать позиции.

Answer 1

Ваш g.xml File GraphML выглядит хорошо, и загружается в цитоскап для меня (я на Mac). Вы установили graphmlreader плагин?

Если нет, загрузите его и бросьте в папку плагинов, затем перезапустите Cytoscape и попробуйте загрузить g.xml сеть снова.

Обновлять Вот какой-то код, чтобы добавить графику и позиционировать и позиционировать на график NetworkX. Это немного условно, и вы можете опустить некоторые атрибуты в зависимости от ваших потребностей:

import networkx as nx

G = nx.Graph()
G.add_edge(0, 1, weight=0.1, label='edge', graphics={
    'width': 1.0, 'fill': '"#0000ff"', 'type': '"line"', 'Line': [],
    'source_arrow': 0, 'target_arrow': 0})
nx.set_node_attributes(G, 'graphics', {
    0: {'x': -85.0, 'y': -97.0, 'w': 20.0, 'h': 20.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#889999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0},
    1: {'x': -16.0, 'y': -1.0, 'w': 40.0, 'h': 40.0,
        'type': '"ellipse"', 'fill': '"#ff9999"', 'outline': '"#666666"',
        'outline_width': 1.0}
    })
nx.set_node_attributes(G, 'label', {0: "0", 1: "1"})
nx.write_gml(G, 'network.gml')

Результат: