Как создать комбинации из нескольких списков без циклов жесткого кодирования?
https://stackoverflow.com/questions/1442965
-
22-07-2019 - |
italiano
english
français
española
中国
日本の
العربية
Deutsch
한국어
Português
RussianВопрос
У меня есть данные, которые выглядят так:
my @homopol = (
["T","C","CC","G"], # part1
["T","TT","C","G","A"], #part2
["C","CCC","G"], #part3 ...upto part K=~50
);
my @prob = ([1.00,0.63,0.002,1.00,0.83],
[0.72,0.03,1.00, 0.85,1.00],
[1.00,0.97,0.02]);
# Note also that the dimension of @homopol is always exactly the same with @prob.
# Although number of elements can differ from 'part' to 'part'.
Что я хочу сделать, так это
<Ол> part1 через partK @prob . Следовательно, в конце мы надеемся получить этот вывод:
T-T-C 1 x 0.72 x 1 = 0.720
T-T-CCC 1 x 0.72 x 0.97 = 0.698
T-T-G 1 x 0.72 x 0.02 = 0.014
...
G-G-G 1 x 0.85 x 0.02 = 0.017
G-A-C 1 x 1 x 1 = 1.000
G-A-CCC 1 x 1 x 0.97 = 0.970
G-A-G 1 x 1 x 0.02 = 0.020
Проблема в том, что мой следующий код делает это путем жесткого кодирования
петли. Поскольку количество частей @homopol может быть различным и большим
(например, ~ K = 50), нам нужен гибкий и компактный способ получить тот же результат. Есть ли?
Я думал использовать Algorithm :: Loops , но не уверен, как этого добиться.
use strict;
use Data::Dumper;
use Carp;
my @homopol = (["T","C","CC","G"],
["T","TT","C","G","A"],
["C","CCC","G"]);
my @prob = ([1.00,0.63,0.002,1.00,0.83],
[0.72,0.03,1.00, 0.85,1.00],
[1.00,0.97,0.02]);
my $i_of_part1 = -1;
foreach my $base_part1 ( @{ $homopol[0] } ) {
$i_of_part1++;
my $probpart1 = $prob[0]->[$i_of_part1];
my $i_of_part2 =-1;
foreach my $base_part2 ( @{ $homopol[1] } ) {
$i_of_part2++;
my $probpart2 = $prob[1]->[$i_of_part2];
my $i_of_part3 = -1;
foreach my $base_part3 ( @{ $homopol[2] } ) {
$i_of_part3++;
my $probpart3 = $prob[2]->[$i_of_part3];
my $nstr = $base_part1."".$base_part2."".$base_part3;
my $prob_prod = sprintf("%.3f",$probpart1 * $probpart2 *$probpart3);
print "$base_part1-$base_part2-$base_part3 \t";
print "$probpart1 x $probpart2 x $probpart3 = $prob_prod\n";
}
}
}
Решение
Я бы порекомендовал Set :: CrossProduct , который создаст итератор для получения перекрестного произведения всех ваших множеств. Поскольку он использует итератор, ему не нужно заранее генерировать каждую комбинацию; скорее он выдает каждый по требованию.
use strict;
use warnings;
use Set::CrossProduct;
my @homopol = (
[qw(T C CC G)],
[qw(T TT C G A)],
[qw(C CCC G)],
);
my @prob = (
[1.00,0.63,0.002,1.00],
[0.72,0.03,1.00, 0.85,1.00],
[1.00,0.97,0.02],
);
# Prepare by storing the data in a list of lists of pairs.
my @combined;
for my $i (0 .. $#homopol){
push @combined, [];
push @{$combined[-1]}, [$homopol[$i][ Я бы порекомендовал Set :: CrossProduct , который создаст итератор для получения перекрестного произведения всех ваших множеств. Поскольку он использует итератор, ему не нужно заранее генерировать каждую комбинацию; скорее он выдает каждый по требованию.
<*>], $prob[$i][ Я бы порекомендовал Set :: CrossProduct , который создаст итератор для получения перекрестного произведения всех ваших множеств. Поскольку он использует итератор, ему не нужно заранее генерировать каждую комбинацию; скорее он выдает каждый по требованию.
<*>]]
for 0 .. @{$homopol[$i]} - 1;
};
my $iterator = Set::CrossProduct->new([ @combined ]);
while( my $tuple = $iterator->get ){
my @h = map { Я бы порекомендовал Set :: CrossProduct , который создаст итератор для получения перекрестного произведения всех ваших множеств. Поскольку он использует итератор, ему не нужно заранее генерировать каждую комбинацию; скорее он выдает каждый по требованию.
<*>->[0] } @$tuple;
my @p = map { Я бы порекомендовал Set :: CrossProduct , который создаст итератор для получения перекрестного произведения всех ваших множеств. Поскольку он использует итератор, ему не нужно заранее генерировать каждую комбинацию; скорее он выдает каждый по требованию.
<*>->[1] } @$tuple;
my $product = 1;
$product *= Я бы порекомендовал Set :: CrossProduct , который создаст итератор для получения перекрестного произведения всех ваших множеств. Поскольку он использует итератор, ему не нужно заранее генерировать каждую комбинацию; скорее он выдает каждый по требованию.
<*> for @p;
print join('-', @h), ' ', join(' x ', @p), ' = ', $product, "\n";
}
Другие советы
Решение, использующее Algorithm :: Loops без изменения входных данных, будет выглядеть примерно так
use Algorithm::Loops;
# Turns ([a, b, c], [d, e], ...) into ([0, 1, 2], [0, 1], ...)
my @lists_of_indices = map { [ 0 .. @ Решение, использующее Algorithm :: Loops без изменения входных данных, будет выглядеть примерно так
[
{ T => 1.00, C => 0.63, CC => 0.002, G => 0.83 },
{ T => 0.72, TT => 0.03, ... },
...
]
Но я думаю, что вы могли бы на самом деле сделать код более понятным, изменив структуру на более похожую
<*>
потому что без параллельных структур данных вы можете просто выполнять итерации по доступным базовым последовательностям вместо того, чтобы выполнять итерации по индексам, а затем искать эти индексы в двух разных местах.
] } @homopol;
NestedLoops( [ @lists_of_indices ], sub {
my @indices = @_;
my $prob_prod = 1; # Multiplicative identity
my @base_string;
my @prob_string;
for my $n (0 .. $#indices) {
push @base_string, $hompol[$n][ $indices[$n] ];
push @prob_string, sprintf("%.3f", $prob[$n][ $indices[$n] ]);
$prob_prod *= $prob[$n][ $indices[$n] ];
}
print join "-", @base_string; print "\t";
print join "x", @prob_string; print " = ";
printf "%.3f\n", $prob_prod;
});
Но я думаю, что вы могли бы на самом деле сделать код более понятным, изменив структуру на более похожую
<*>потому что без параллельных структур данных вы можете просто выполнять итерации по доступным базовым последовательностям вместо того, чтобы выполнять итерации по индексам, а затем искать эти индексы в двух разных местах.
Почему вы не используете рекурсию? Передайте глубину как параметр и позвольте функции вызывать себя с глубиной + 1 внутри цикла.
Вы можете сделать это, создав массив показателей той же длины, что и массив @homopol (N скажем), чтобы отслеживать, какую комбинацию вы просматриваете. На самом деле этот массив так же, как число в базе N, с элементами, являющимися цифрами. Итерируйте так же, как вы бы записали последовательные числа в базе N, например (0 0 0 ... 0), (0 0 0 ... 1), ..., (0 0 0 ... N- 1), (0 0 0 ... 1 0), ....
Подход 1. Расчет по индексам
Вычислить произведение длин в гомополе (length1 * length2 * ... * lengthN). Затем итерируйте i от нуля до произведения. Теперь вам нужны следующие индексы: i% length1, (i / length1)% length2, (i / length1 / length2)% length3, ...
Подход 2: рекурсия
Меня избили, смотрите ответ Ники. : -)
