Создание (и доступ) разреженной матрицы с NA записями по умолчанию

Question

Узнав о варианты работы с разреженными матрицами в R, Я хочу использовать Матрица пакет для создания разреженной матрицы из следующего фрейма данных и чтобы все остальные элементы были NA.

     s    r d
1 1089 3772 1
2 1109  190 1
3 1109 2460 1
4 1109 3071 2
5 1109 3618 1
6 1109   38 7

Я знаю, что могу создать разреженную матрицу со следующим доступом к элементам, как обычно:

> library(Matrix)
> Y <- sparseMatrix(s,r,x=d)
> Y[1089,3772]
[1] 1
> Y[1,1]
[1] 0

но если я хочу, чтобы значение по умолчанию было NA, я попробовал следующее:

  M <- Matrix(NA,max(s),max(r),sparse=TRUE)
  for (i in 1:nrow(X))
    M[s[i],r[i]] <- d[i]

и получил эту ошибку

Error in checkSlotAssignment(object, name, value) : 
  assignment of an object of class "numeric" is not valid for slot "x" in an object of class "lgCMatrix"; is(value, "logical") is not TRUE

Мало того, я обнаружил, что доступ к элементам занимает гораздо больше времени.

> system.time(Y[3,3])
   user  system elapsed 
  0.000   0.000   0.003 
> system.time(M[3,3])
   user  system elapsed 
  0.660   0.032   0.995 

Как я должен создавать эту матрицу?Почему с одной матрицей работать намного медленнее?

Вот фрагмент кода для приведенных выше данных:

X <- structure(list(s = c(1089, 1109, 1109, 1109, 1109, 1109), r = c(3772, 
190, 2460, 3071, 3618, 38), d = c(1, 1, 1, 2, 1, 7)), .Names = c("s", 
"r", "d"), row.names = c(NA, 6L), class = "data.frame")

Answer 1

Да, ответ Тьерри определенно верен, я могу сказать как соавтор пакета "Матрица"...

К вашему другому вопросу:Почему доступ к "M" происходит медленнее, чем к "Y"?Основной ответ заключается в том, что "M" намного реже, чем "Y", следовательно, намного меньше и - в зависимости от используемых размеров и объема оперативной памяти вашей платформы - время доступа быстрее для гораздо меньших объектов, особенно для индексации в них.

Answer 2

Зачем вам нужны значения NA по умолчанию?Насколько я знаю, матрицы являются разреженными только в том случае, если в них есть нулевые ячейки.Поскольку NA является ненулевым значением, вы теряете все преимущества разреженной матрицы.Классическая матрица еще более эффективна, если в ней почти нет нулей.Классическая матрица подобна вектору, который будет обрезан в соответствии с размерами.Таким образом, он должен хранить только вектор данных и размеры.Разреженная матрица хранит только ненулевые значения, но также сохраняет там местоположение.Это преимущество тогда и только тогда, когда у вас достаточно нулевых значений.