БиоПитон:извлечение идентификаторов последовательностей из выходного файла Blast
-
18-09-2019 - |
Вопрос
У меня есть выходной файл BLAST в формате XML.Это 22 последовательности запросов, в каждой из которых сообщается о 50 попаданиях.И я хочу извлечь все совпадения размером 50x22.Это код, который у меня сейчас есть, но он извлекает только 50 совпадений из первого запроса.
from Bio.Blast import NCBIXM
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
blast_record = blast_records.next()
save_file = open("/Users/jonbra/Desktop/my_fasta_seq.fasta", 'w')
for alignment in blast_record.alignments:
for hsp in alignment.hsps:
save_file.write('>%s\n' % (alignment.title,))
save_file.close()
У кого-нибудь есть предложения, как извлечь все хиты?Думаю, мне нужно использовать что-то еще, кроме выравниваний.Надеюсь, это было ясно.Спасибо!
Джон
Решение
Это должно получить все записи.Новинкой по сравнению с оригиналом является
for blast_record in blast_records
это идиома Python для перебора элементов в объекте, похожем на список, таком как blast_records (проверка Документация модуля CBIXML показал, что parse() действительно возвращает итератор)
from Bio.Blast import NCBIXM
blast_records = NCBIXML.parse(result_handle)
save_file = open("/Users/jonbra/Desktop/my_fasta_seq.fasta", 'w')
for blast_record in blast_records:
for alignment in blast_record.alignments:
for hsp in alignment.hsps:
save_file.write('>%s\n' % (alignment.title,))
#here possibly to output something to file, between each blast_record
save_file.close()
Другие советы
Я использовал этот код для извлечения всех результатов
from Bio.Blast import NCBIXML
for record in NCBIXML.parse(open("rpoD.xml")) :
print "QUERY: %s" % record.query
for align in record.alignments :
print " MATCH: %s..." % align.title[:60]
for hsp in align.hsps :
print " HSP, e=%f, from position %i to %i" \
% (hsp.expect, hsp.query_start, hsp.query_end)
if hsp.align_length < 60 :
print " Query: %s" % hsp.query
print " Match: %s" % hsp.match
print " Sbjct: %s" % hsp.sbjct
else :
print " Query: %s..." % hsp.query[:57]
print " Match: %s..." % hsp.match[:57]
print " Sbjct: %s..." % hsp.sbjct[:57]
print "Done"
или для более подробной информации
from Bio.Blast import NCBIXML
for record in NCBIXML.parse(open("NC_003197.xml")) :
#We want to ignore any queries with no search results:
if record.alignments :
print "QUERY: %s..." % record.query[:60]
for align in record.alignments :
for hsp in align.hsps :
print " %s HSP, e=%f, from position %i to %i" \
% (align.hit_id, hsp.expect, hsp.query_start, hsp.query_end)
print "Done"
Я использовал этот сайт
http://www2.warwick.ac.uk/fac/sci/moac/currentstudents/peter_cock/python/rpsblast/