Делать:
con.query('SET GLOBAL connect_timeout=28800')
con.query('SET GLOBAL interactive_timeout=28800')
con.query('SET GLOBAL wait_timeout=28800')
Значение параметра (взято из MySQL Workbench в навигаторе: экземпляр> Параметры> Вкладка «Сеть»> Раздел «Настройки тайм-аута»)
- connect_timeout.: Количество секунд Server MySQLD ждет пакета подключения, прежде чем отвечать на «плохое рукопожатие»
- Interactive_Timeout Количество секунд Сервер ждет активности в интерактивном соединении перед его закрытием
- wait_timeout. Количество секунд Сервер ждет активности на соединении перед его закрытием
BTW: 28800 секунд - 8 часов, поэтому в течение 10 часов времени выполнения эти значения должны быть на самом деле выше.