Загрузка, список и использование модулей и функций в PL / R

Question

Я испытываю трудности с:

• Перечисление пакетов и функций R доступны для PostgreSQL.
• Установка пакета (например, Кендалл) для использования с PL / R
• Вызов функции r в PostgreSQL

Листинг доступных R пакетов

Q.1. Как вы узнаете, какие модули R загружены?

SELECT * FROM r_typenames();

Это показывает типы, которые доступны, но как насчет проверки, если Kendall( X, Y ) загружен? Например, документация показывает:

CREATE TABLE plr_modules (
  modseq int4,
  modsrc text
);

Кажется, что позволяет вставлять записи для диктования, что Kendall должен быть загружен, но следующий код не объясняет, синтаксически, как убедиться, что он загружен:

INSERT INTO plr_modules
  VALUES (0, 'pg.test.module.load <-function(msg) {print(msg)}');

Q.2. Как бы выглядела вышеуказанная линия, если бы вы пытались загрузить Kendall?
Q.3. Это применимо?

Установка R пакетов

Использование менеджера пакета «Synaptic» На следующие пакеты были установлены:

r-base
r-base-core
r-base-dev
r-base-html
r-base-latex
r-cran-acepack
r-cran-boot
r-cran-car
r-cran-chron
r-cran-cluster
r-cran-codetools
r-cran-design
r-cran-foreign
r-cran-hmisc
r-cran-kernsmooth
r-cran-lattice
r-cran-matrix
r-cran-mgcv
r-cran-nlme
r-cran-quadprog
r-cran-robustbase
r-cran-rpart
r-cran-survival
r-cran-vr
r-recommended

Q.4. Как мне знать, если в Кендалл там?
Q.5. Если это не так, как я могу узнать, в каком пакете это?
В.6 Если это не в упаковке, подходящей для установки с apt-get (aptitude, synaptic, dpkg, Что у тебя), как я могу установить его на Ubuntu?
Q.7. Где задокументированы шаги установки?

Вызов R функции

У меня есть следующий код:

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'corr( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

Этот код вызывает функцию PostgreSQL corr рассчитать корреляцию Пирсона по данным. В идеале я хотел бы сделать следующее (переключая corr для plr_kendall):

EXECUTE 'SELECT '
  'regr_slope( amount, year_taken ),'
  'regr_intercept( amount, year_taken ),'
  'plr_kendall( amount, year_taken ),'
  'sum( measurements ) AS total_measurements '
'FROM temp_regression'
INTO STRICT slope, intercept, correlation, total_measurements;

В.8 Я должен написать plr_kendall себя?
В.9. Где я могу найти просто Пример, который проходит через:

1. Загрузка модуля R в PG.
2. Написать обертку PG для желаемой функции R.
3. Вызов обертки PG из выбора.

Например, последние два шага выглядят как:

create or replace function plr_kendall( _float8, _float8 ) returns float as '
  agg_kendall(arg1, arg2)
' language 'plr';

CREATE AGGREGATE agg_kendall (
  sfunc = plr_array_accum,
  basetype = float8, -- ???
  stype = _float8, -- ???
  finalfunc = plr_kendall
);

А потом SELECT как указано выше?

Спасибо!

Answer 1

Обзор

Эти шаги списка, как вызвать функцию R из PostgreSQL с использованием PL / R.

Предварительные условия

У вас уже должны быть PostgreSQL, R и PL / R установлены.

Шаги

1. Найти имя модуля R (например, Kendall)
2. Перейдите в пользователь базы данных:

   sudo su - postgres

3. Бежать R.

   R

4. Установить R модуль (принять $HOME/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/2.9/):

   install.packages("Kendall", dependencies = TRUE)

5. Выберите кран зеркало, когда появится подсказку.
6. Создайте следующую таблицу:

   CREATE TABLE plr_modules (
   modseq int4,
   modsrc text
   );

7. Вставьте в эту таблицу Директива для загрузки модуля R в вопросе:

   INSERT INTO plr_modules
   VALUES (0, 'library(Kendall)' );

8. Перезапустите базу данных (или SELECT * FROM reload_plr_modules();):

   sudo /etc/init.d/postgresql-8.4 restart

9. Создать функцию обертки в PostgreSQL:

   CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.plr_corr_kendall(
   double precision[],
   double precision[] )
   RETURNS double precision AS
   $BODY$
   Kendall(arg1, arg2)
   $BODY$
   LANGUAGE 'plr' VOLATILE STRICT;

10. Создайте функцию, использующую функцию обертки.
11. Проверьте новую функцию.

Функция обертки

Эта функция выполняет работу сбора данных из базы данных и создание двух массивов. Эти массивы передаются в plr_corr_kendall Функция обертки.

CREATE OR REPLACE FUNCTION climate.analysis_vector()
RETURNS double precision AS
$BODY$
DECLARE
  v_year_taken double precision[];
  v_amount double precision[];
  i RECORD;
BEGIN
  FOR i IN (
  SELECT
    extract(YEAR FROM m.taken) AS year_taken,
    avg( m.amount ) AS amount
  FROM
    climate.city c,
    climate.station s,
    climate.station_category sc,
    climate.measurement m
  WHERE 
    c.id = 5148 AND 
    earth_distance( 
      ll_to_earth(c.latitude_decimal,c.longitude_decimal), 
      ll_to_earth(s.latitude_decimal,s.longitude_decimal)) <= 30 AND 
    s.elevation BETWEEN 0  AND  3000  AND 
    s.applicable AND 
    sc.station_id = s.id AND 
    sc.category_id = 1 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_start) >= 1900 AND 
    extract(YEAR FROM sc.taken_end) <= 2009 AND 
    m.station_id = s.id AND 
    m.taken BETWEEN sc.taken_start AND sc.taken_end AND 
    m.category_id = sc.category_id 
  GROUP BY 
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ORDER BY
    extract(YEAR FROM m.taken)
  ) LOOP
    SELECT array_append( v_year_taken, i.year_taken ) INTO v_year_taken;
    SELECT array_append( v_amount, i.amount::double precision ) INTO v_amount;
  END LOOP;

  RAISE NOTICE '%', v_year_taken;
  RAISE NOTICE '%', v_amount;

  RETURN climate.plr_corr_kendall( v_year_taken, v_amount );
END;
$BODY$
LANGUAGE 'plpgsql' VOLATILE
COST 100;

Тестовое задание

Проверьте функцию следующим образом:

SELECT
  *
FROM
  climate.analysis_vector();

Результат

Номер: -0.0578900910913944