R & Gephi:حواف في الشبكة يتم استيرادها بشكل صحيح باستخدام حزمة rgexf

Question

لدي مشكلة مع R حزمة "rgexf".ولا سيما لدي مشكلة مع حواف شبكة أنا استيراد Gephi.في R I يمكن أن تنتج قاعدة بيانات القمم

>vertices
   Id Label
1   1     1
2   2     2
3   3     3
4   4     4
5   5     5
6   6     6
7   7     7
8   8     8
9   9     9
10 10    10

وقاعدة بيانات حواف (واحد حافة أن يكون دقيقا)

>edges 
      Source Target
    1      5      9

لقد خلق .gexf الملف باستخدام

  >write.gexf(output = path_gexf, nodes = vertices, edges = edges,  defaultedgetype = "undirected")

حيث path_gexf هو مجرد مسار الملف الناتج (وهو ما يسمى سبيل المثال.gexf).
أفتح سبيل المثال.gexf باستخدام Gephi (الإصدار 0.8.2 beta).في الصورة 1:

يمكنك أن ترى استيراد التقرير في Gephi:عدد القمم والحواف هو الصحيح ؛ أنا يدويا تغيير نوع الرسم البياني إلى صليات وأنا استيراد جميع البيانات إلى بيانات مختبر النافذة.

1. السؤال 1. لماذا يفترض أن تحديد "غير موجهة" في استيراد نافذة التقرير إن كنت فعلت ذلك في الكتابة.gexf وظيفة ؟

في image2

يمكنك أن ترى أنه بعد استيراد نوع من الرسم البياني تلقائيا إلى "توجيه" ، لا حافة هو في الواقع المستوردة.

في الصورة 3

لدينا قائمة القمم:كل شيء على ما يرام.التسميات معرف بشكل صحيح المستوردة.في الصورة 4

يمكنك رؤية البيانات المختبرية نافذة الحواف:لا حافة المستوردة ، كما لوحظ بالفعل في الصورة 2.أنا حقا لا أفهم لماذا لا حافة يتم استيرادها.

2. السؤال 2.كيفية تصحيح استيراد سبيل المثال.gexf الملف ؟ على مستوى R رمز كل شيء على نحو سلس ، و القمم / حواف بشكل صحيح الناتجة عن قانون بلدي.تحدث مشاكل مع Gephi.

ملاحظات:لدي الكثير من .gexf الملفات مع القضايا المتعلقة الاستيراد من الحواف.في كثير من الحالات فقط عدد قليل من الحواف المستوردة مع uncorrect "مصدر" و "الهدف".والغريب موازية حواف دائما بشكل صحيح تحسب وفقا multiplicities.

أعتذر عن وظيفة طويلة.

تحرير:بعض الاختبارات مع الدمية آر كود

فعلت بعض التجارب باستخدام @جيمس توبن رمز (شكرا).أنه يعمل بشكل جيد أيضا على جهاز الكمبيوتر.لم الاختبارات مع الرسوم البيانية مع 2 الحواف:الاختبارات كانت جميع موافق.ثم انتقلت إلى 3,4 حواف الحالات باستخدام

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,2),c(1,1,3)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
           defaultedgetype = "undirected")

و

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,4,2),c(2,3,1,2)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
           defaultedgetype = "undirected")

في كلتا الحالتين XLM رمز هو الصحيح ث.r.t.العقد & حواف id, التسميات, مصادر و أهداف.

أين هي القضايا ؟ في 3 حواف حالة استيراد التقرير في Gephi هو الصحيح ، في حين أن البيانات المختبرية حافة النافذة لا تظهر الحافة

<edge id="1" source="1" target="1" weight="1.0"/>

في 4 حواف حالة الحافة

 <edge id="0" source="5" target="2" weight="1.0"/>

مفقود ، بدلا من ذلك.

بدأت أصدق بأن هناك خلل في Gephi 0.8.2 وليس في قانون بلدي.

أي اقتراح/تعليق ؟

Answer 1

السؤال 1:حتى ولو كنت بالفعل المحدد على الرسم البياني كما صليات في gexf الملف توجه هو الافتراضي ، على الرغم من النقر عليه قليلا مزعج, على الأقل ليس بالأمر الجللمن سلامة منظور ، الأسهل أن تسمح للمستخدم للتحقق من ضعف ما هو نوع من الرسم البياني يتم استيراد مما قد حدد بشكل غير صحيح.فإنه يأخذ 2 ثانية ، وليس صفقة كبيرة.

السؤال 2:أنا نسخ المثال الخاص بك

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(5,9))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(output='testgex.gexf',nodes=vertices,edges=edges,
          defaultedgetype = "undirected")

ولكن ليس لدي أي مشاكل مع حواف.

ربما كنت يمكن أن تشمل الدقيق الخاص بك التعليمات البرمجية التي فشل ؟ ربما حواف الخاص بك ليست في البيانات.إطار النموذج ؟ التخمين فقط لأنني لم أتمكن من تكرار الخطأ.