R＆GEPHI：ネットワーク内のエッジがRGEXFパッケージを使用して正しくインポートされていません

Question

Rパッケージ"rgexf"に問題があります。特に、私はgephiへのインポートネットワークの EDGES に問題があります。 rでは頂点のデータベースを作成できます

>vertices
   Id Label
1   1     1
2   2     2
3   3     3
4   4     4
5   5     5
6   6     6
7   7     7
8   8     8
9   9     9
10 10    10

.

とエッジのデータベース（正確な単一の端）

>edges 
      Source Target
    1      5      9

.

を使って.gexfファイルを作成します

  >write.gexf(output = path_gexf, nodes = vertices, edges = edges,  defaultedgetype = "undirected")

.

ここで、path_gexfは出力ファイルのパスだけです（これはexample.gexfという）。
gephi（バージョン0.8.2ベータ）を使用してexample.gexfを開きます。 画像1では：

gephiでのインポートレポートを見ることができます：頂点とエッジの数は正しいです。私は手動でグラフの種類を無向に変更し、データ実験室ウィンドウにすべてのデータをインポートします。

1. 質問1 。 with.gexf関数ですでにそれをした場合は、「報告書」ウィンドウで「無向」を指定することになっているのはなぜですか？

Image2



インポート後、グラフの種類が自動的に「指示」およびのタイプが実際にはインポートされていないことがわかります。

画像3



頂点のリストを持っています：すべて大丈夫です。ラベルとIDが正しくインポートされています。画像4

で



エッジのデータ実験室のウィンドウを見ることができます。すでに画像に注目されているように、エッジがインポートされていません.2。エッジがインポートされていない理由がわかりません。

2. 質問2. example.gexfファイルのインポートを修正する方法？ Rコードのレベルですべてが滑らかで、頂点/エッジが私のコードによって正しく生成されます。 Gephiで問題が発生します。

備考：エッジのインポートに関して問題を備えた.gexfファイルが多数あります。多くの場合、「ソース」と「ターゲット」を訂正していないエッジだけがインポートされます。十分に十分に、平行な端はそれらの乗数に従って常に適切にカウントされます。

長い投稿をお詫び申し上げます。

編集：ダミーRコードを使用したいくつかのテスト

@James Tobinのコードを使用してテストをしました（ありがとう！）。私のPCにもうまく機能します。 2つのエッジを持つグラフでテストしました。テストはすべて大丈夫でした。 それから私は

を使って3,4のエッジケースに移動しました

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,2),c(1,1,3)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
           defaultedgetype = "undirected")

.

と

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(c(5,1,4,2),c(2,3,1,2)))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(nodes=vertices,edges=edges,
           defaultedgetype = "undirected")

.

どちらの場合も、XLMコードは正しいw .tです。ノードとエッジID、ラベル、ソース、およびターゲット。

問題はどこですか？ 3 EDGESケースでは、Gephiのインポートレポートは正しいですが、Data Laboratory Edgeウィンドウにエッジ

が表示されません。

<edge id="1" source="1" target="1" weight="1.0"/>

.

4エッジの場合、エッジ

 <edge id="0" source="5" target="2" weight="1.0"/>

.

が欠けている。

私はgephi 0.8.2にバグがあると信じ始め、コードではありません。

提案/コメント？

Answer 1

質問1：GEXFファイルで表示されていないグラフをすでに指定したとしても、Directedはデフォルトですが、それをクリックするのは少し迷惑なものです。安全の観点からは、ユーザーが誤って選択する潜在的に選択するよりも、ユーザーがインポートしているグラフを再確認できるようにします。それほど大きな取引ではなく、2秒かかります。

質問2：あなたの例をコピーしました

require(rgexf)
vertices <- as.data.frame(cbind(seq(1,10),seq(1,10)))
colnames(vertices) <- c('Id','Label')
edges <- as.data.frame(cbind(5,9))
colnames(edges) <- c('Source','Target')
write.gexf(output='testgex.gexf',nodes=vertices,edges=edges,
          defaultedgetype = "undirected")

.

しかし、私はエッジに関する問題はありません。

おそらくあなたは失敗するあなたの正確なコードを含めることができますか？おそらくあなたのエッジはData.Frameフォームにはありませんか？私はあなたのエラーを複製することができなかったので推測するだけです。