ImageJ亮度和对比度上的图像

Question

我正在浏览ImageJ（.tif图像的堆栈，大约130帧）中的数据集集合，并且我对数据集有问题。这是一系列显微镜图像，每个框架都是上一个上方/下方约3-4微米的平面。当我深入数据集时，光散射使背景更加明亮，因此标本的主要特征是调光器。

但是，ImageJ的亮度和对比功能使用了代表的直方图 全部的 一堆图像。当我在堆栈深处的图像上单击“自动”和“重置”时，最终的对比度是完美的：所有功能都非常好。但是，然后，在堆栈的开始时，大多数功能已经饱和。

我已经尝试从堆栈中的各个点手动提取一些图像，并在每个单独的亮度和对比度中进行自动 - >重置，然后将它们重新转换为堆栈，然后看起来确实很扎实。我该如何为整个堆栈以编程方式（例如使用插件）进行此操作？相关的API调用是什么？

Answer 1

开始编写这样的脚本的一种好方法是使用ImageJ的宏记录器 - 您可以从此开始 Plugins > Macros > Record .... 。对于此示例，我假设您已经切换了 Record: 选项框 JavaScript, ，但是，如果您更熟悉ImageJ宏语言或在Java中编写插件，那么其他一个可能是一个更好的选择。如果您然后打开图像并使用 Image > Stacks > Set Slice ... 然后选择（说）切片20，您应该看到：

imp.setSlice(20);

...出现在录音机中。现在如果您跑步 Image > Adjust > Brightness/Contrast... 并选择 Auto, ，您应该在录音机中看到这等同于运行 Enhance Contrast 保持0.35％的饱和像素。正如您所指出的那样，此问题是，这可以调整整个堆栈的最小值和最大值，而不是仅仅调整该切片。但是，您可以运行 Enhance Contrast 通过运行不同的选项 Process > Enhance Contrast. 。该选项的部分 ImageJ文档Wiki 解释说，如果要更改像素值而不是设置堆栈的最小值和最大值，则需要选择“归一化”选项。如果我选择这样做，则宏记录器记录：

imp.setSlice(20);
IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=0.35 normalize");

...您应该看到只有Slice 20已更改。然后，您可以将其包裹在一个循环中，该循环在每个切片上都具有相同的增强功能：

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();

for( var i = 0; i < n; ++i) {
    imp.setSlice(i+1);
    IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=4 normalize");
}

（如果您使用的是斐济，则脚本编辑器（例如 File > New > Script）是尝试此类脚本的简便方法。）

当然，使用归一化选项确实会导致更改像素值，这意味着在这种情况下，您正在丢失信息，因此我不会使用生成的堆栈进行定量结果。

我希望那是一种用途。

Answer 2

您也可能会考虑使用 CellProfiler 处理图像。即使CP无法直接执行您要做的事情，您实际上也可以从CP运行ImageJ命令，插件和宏。

在最简单的情况下，您可以创建一个CP管道，该管道仅具有loadImages和RuniMageJ。

Answer 3

公认的答案是OP问题的最佳选择，但是一个小的变体是，您是否想将亮度/对比度作为特定数据切片的函数更改。

就我而言，我想产生阈值效果，但是在堆栈的每个切片中，阈值值正在变化。我去了几个不同的切片，并手动找到了阈值。然后，我找到了阈值值（TV）的近似函数，作为切片的函数，如下所示：

Tv=4000/s-17

因此，我的脚本变成了：

importClass(Packages.ij.IJ);

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();
var miny,maxy;

for( var i = 1; i < n+1; ++i) {
    imp.setSlice(i);
    miny=parseInt(4000/i-17);
    maxy=miny+5;
    IJ.setMinAndMax(imp, miny, maxy);
    IJ.run(imp, "Apply LUT", "slice");
}