ImageJ Яркость и контраст по стеке изображений

Question

Я просматриваю набор наборов данных изображений в ImageJ (стек изображений .tif, около 130 кадров), и у меня есть проблема с набором данных. Это серия изображений микроскопа, каждый кадр является плоскостью примерно на 3-4 микрометрах над/ниже предыдущего. Когда я углубляюсь в набор данных, рассеяние света создает более яркий фон, поэтому основными характеристиками образца являются тусклые.

Тем не менее, яркости и контрастная функция ImageJ использует гистограмму, которая представляет собой весь Стоп изображений. Когда я нажимаю «Авто» и «сбросить» на изображении глубоко в стеке, результирующий контраст идеален: все функции очень хорошо освещаются. Однако, в начале стека, большинство функций стали насыщенными.

Я попытался вручную извлечь несколько изображений из разных точек в стеке и выполнить автоматическое сброс в яркости и контрастности на каждом из них по отдельности и впоследствии переворачивая их на стек, и это выглядит действительно солидно. Как я могу сделать это программно (например, с плагином) для всего стека? Каковы соответствующие вызовы API?

Answer 1

Хороший способ начать написать такой сценарий - использовать макроэлектрический регистр ImageJ - вы можете начать с этого с Plugins > Macros > Record .... Анкет Для этого примера я предполагаю, что вы переключили Record: Опционное поле для JavaScript, но если вы больше знакомы с макро -языком ImageJ или писательными плагинами в Java, один из других может быть лучшим выбором. Если вы откроете изображение и используете Image > Stacks > Set Slice ... и выберите (скажем) Slice 20, вы должны увидеть:

imp.setSlice(20);

... появляются в рекордере. Теперь, если вы бежите Image > Adjust > Brightness/Contrast... и выберите Auto, вы должны увидеть в рекордере, что это эквивалент бега Enhance Contrast Сохранение 0,35% насыщенных пикселей. Проблема с этим, как вы отмечали, заключается в том, что это регулирует минимальные и максимальные значения для всего стека, а не только для этого. Тем не менее, вы можете бежать Enhance Contrast с разными параметрами при запуске Process > Enhance Contrast. Анкет Раздел об этом опции на ImageJ Документация WIKI Объясняет, что если вы хотите изменить значения пикселей, а не устанавливать минимальный и максимум для стека, вам необходимо выбрать опцию «нормализовать». Если я решите сделать это вместо этого, Macro Recorder записывает:

imp.setSlice(20);
IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=0.35 normalize");

... и вы должны увидеть, что только срез 20 был изменен. Затем вы можете обернуть это в петлю, которая запускает одинаковое улучшение на каждом кусочке:

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();

for( var i = 0; i < n; ++i) {
    imp.setSlice(i+1);
    IJ.run(imp, "Enhance Contrast", "saturated=4 normalize");
}

(Если вы используете Fiji, то редактор скрипта (например, через File > New > Script) это простой способ экспериментировать с такими сценариями.)

Конечно, использование опции Normalize приводит к изменению значений пикселей, что означает, что в этом случае вы теряете информацию, поэтому я не буду использовать полученный стек для количественных результатов.

Я надеюсь, что это будет использовать.

Answer 2

Вы также можете рассмотреть возможность использования CellProfiler обрабатывать изображения. Даже если CP не может сделать именно то, что вы пытаетесь сделать напрямую, вы можете запустить команды ImageJ, плагины и макросы от CP.

В самый простой, вы можете создать трубопровод CP, который просто имеет загрузки и Runimagej.

Answer 3

Принятый ответ является лучшим для вопроса ОП, но небольшой вариант - если вы хотите изменить яркость/контрастность в зависимости от срезах ваших конкретных данных.

В моем случае я хотел иметь пороговый эффект, но пороговое значение изменялось в каждом срезе стека. Я пошел на несколько разных ломтиков и вручную нашел пороговое значение. Затем я нашел приблизительную функцию для порогового значения (телевидение) в зависимости от среза (-ов) следующим образом:

Tv=4000/s-17

Следовательно, тогда мой сценарий становится:

importClass(Packages.ij.IJ);

var imp = IJ.getImage();
var n = imp.getStackSize();
var miny,maxy;

for( var i = 1; i < n+1; ++i) {
    imp.setSlice(i);
    miny=parseInt(4000/i-17);
    maxy=miny+5;
    IJ.setMinAndMax(imp, miny, maxy);
    IJ.run(imp, "Apply LUT", "slice");
}