自我描述的文件格式用于千兆像素的图像?

StackOverflow https://stackoverflow.com/questions/1905359

  •  19-09-2019
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题

在医疗成像，似乎有两种方式存储大千兆像素的图片：

  1. 使用大量的JPEG图片(既包装成文件或者单独地)和煮了一些离奇的指标格式的描述是什么。粘在一些元数据在其他一些格式。

  2. 使用TIFF的瓷砖和多图像的支持干净储存的图像作为一个单一的文件,并提供下采样的版本对于缩小速度。然后滥用的各种TIFF标签存储元数据，在非标准的方式。此外，储存瓦与重叠的边界，必须单独的翻译以后。

在这两种情况下，读者必须理解的格式不够好理解如何绘制的事情并阅读的元数据。

是否有更好的方式储存这些图像吗？是TIFF(或 BigTIFF)仍然正确的格式是为了这个？做 回馈 解决问题的元数据?

主要问题是：

  • 图像存储在一种方式，允许快速随机访问(平铺)
  • 存储下采样的图像迅速缩小(金字塔)
  • 处理的情况下，瓷砖重叠或疏(扫描仪常工作的通过移动摄像机在滑2D和捕捉只有在有一些图像)
  • 存储重要的元数据，包括相关的图像就像一个滑动的标签和缩略
  • 支持对有损的储存

什么样的(希望非专用)的格式不人使用存储大量的空中拍摄的照片或地图？这些图像有类似的性质。

有帮助吗？

解决方案

这似乎是开始TIFF或BigTIFF和定义的一个有用的子的标签+回馈元数据的可能的路要走。适合是不好的，因为它基本上是无损的数据和没有一个非常适当的元数据的机制。

该问题与TIFF是，它只是允许过多的灵活性，但一个子集的TIFF应该是可接受的。

该解决方案很可能是 http://ome-xml.org/ 和 http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff.

它看起来像物现在已有支持：ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft.pdf

其他提示

你可能想要 适合.

  • 任意的尺寸
  • 1--3维的数据
  • 广泛的头
  • 广泛应用于天文学和赞同由美国国家航空航天局和天文学联盟

我是一个病理学家(和业余爱好者的程序)以虚拟的幻灯片和数字病理学是一个巨大的利益。你可能感兴趣的 OpenSlide项目.他们特征的一些专有格式的大商(可持续发展,BioImagene等)。大多数似乎包括一个金字塔形缩小(扫描在不同的微观目标，当然)，大tiff文件包含多个瓷砖tiff或压缩(JPEG或JPEG2000)图像。

该行业的标准是 物Sup145;获得供应商通过它虽然已经缓慢，但发明了又一个格式可能不会有帮助的。

PNG 可能对你的工作。它可以处理大量图像、元数据和巴布亚新几内亚的格式可以有一些 交错, 所以你最多可以得到(下来?) n/8x n/8下采样的图像相当容易。

我不确定如果PNG可以做到快速随机访问。它是块，但可能是不够的。

你可以代表疏数据的透明度信道。

JPEG2000可能是值得一看，一些有趣的努力，从国家图书馆在这个空间。

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