Selbstbeschreibende Dateiformat für Gigapixel-Bilder?

Question

In der medizinischen Bildgebung, erscheint es zwei Möglichkeiten, Bilder zu speichern riesige Gigapixel zu sein:

1. Verwenden Sie eine Menge von JPEG-Bildern (entweder in Dateien verpackt oder einzeln) und kochen etwas bizarr Indexformat bis zu beschreiben, was wo geht. Tack auf einigen Metadaten in einem anderen Format.

2. Mit TIFF Fliesen und Multi-Image-Unterstützung sauber speichert die Bilder als eine einzige Datei, und heruntergetasteten Versionen für bieten Geschwindigkeit Zoomen. Dann missbrauchen verschiedene TIFF-Tags zu speichern Metadaten in Nicht-Standard-Weise. Auch speichern Fliesen mit überlappenden Grenzen, die später übersetzt werden einzeln muss.

In beiden Fällen muss der Leser verstehen, das Format gut genug, um zu verstehen, wie die Dinge zu ziehen und die Metadaten lesen.

Gibt es einen besseren Weg, um diese Bilder zu speichern? I TIFF (oder BigTIFF ) noch das richtige Format für das? Does XMP lösen das Problem der Metadaten?

Die wichtigsten Punkte sind:

• Speichern von Bildern in einer Weise, die für den schnellen Direktzugriff (Kacheln)
erlaubt
• Speichern unterabgetasteten Bilder für eine schnelle Zoomen (Pyramide)
• Bearbeitung von Fällen, wo Fliese überlappen oder spärlich (Scanner oft Arbeit von einer Kamera über einen Schieber in 2D bewegen und erfassen nur dort, wo es etwas zu Bild)
• Speichern wichtiger Metadaten, einschließlich der dazugehörigen Bilder wie ein Etikett Rutsche und Thumbnail
• Unterstützung für verlustbehaftete Speicherung

Welche Art von (hoffentlich nicht-proprietären) Formate verwenden Menschen große Luftbilder oder Karten zu speichern? Diese Bilder haben ähnliche Eigenschaften.

Answer 1

Es scheint mit TIFF oder BigTIFF ist und eine nützliche Teilmenge von Tags + XMP-Metadaten könnte der Weg zu gehen, wie zu starten. FITS ist nicht gut, da es im Grunde für die verlustfreie Daten und nicht einen sehr geeigneten Metadaten-Mechanismus hat.

Das Problem mit TIFF ist, dass es einfach zu viel Flexibilität erlaubt, aber eine Teilmenge von TIFF sollte akzeptabel sein.

Die Lösung sehr gut sein kann http://ome-xml.org/ und http://ome-xml.org/wiki/OmeTiff .

Es sieht aus wie DICOM jetzt Unterstützung hat: ftp://medical.nema.org/MEDICAL/Dicom/Final/sup145_ft. pdf

Answer 2

Sie wollen wahrscheinlich FITS .

• Frei wählbare Größe
• 1--3 dimensionale Daten
• Umfangreiche Header
• Weit verbreitet in der Astronomie verwendet und unterstützt von der NASA und der IAU

Answer 3

Ich bin ein Pathologe (und Bastler Programmierer) so virtuelle Dias und digitale Pathologie sind ein großes Interesse von mir. Sie können in der OpenSlide Projekt interessiert. Sie haben eine Reihe von proprietären Formaten von den großen Anbietern gekennzeichnet (Aperio, BioImagene, etc). Die meisten scheinen einen Pyramide gezoomten (gescannt bei verschiedenen mikroskopischen Zielen, natürlich) zu bestehen, große TIFF-Dateien, die mehr gefliesten TIFFs oder komprimiert (JPEG- oder JPEG2000) Bilder.

enthalten

Answer 4

Der Industriestandard ist DICOM Sup 145 ; immer Anbieter es aber anzunehmen ist träge, aber noch ein anderes Format würde wahrscheinlich nicht hilfreich sein, zu erfinden.

Answer 5

PNG könnte für Sie arbeiten. Es kann große Bilder verarbeiten, Metadaten und das PNG-Format einige Interlacing haben, so können Sie erhält bis zu (bis?) ein n / 8 xn / 8 abgetastete Bild ziemlich leicht.

Ich bin mir nicht sicher, ob PNG schnellen Direktzugriff tun. Es ist gestückelt, aber das ist vielleicht nicht genug sein.

Sie spärliche Daten mit dem Transparenzkanal darstellen.

Answer 6

JPEG2000 könnte sich lohnen, einen Blick, einige interessante Bemühungen von Nationalbibliotheken in diesem Raum.