子流程未能赶上标准输出

Question

我想生成树fasta文件输入以及与MuscleCommandline

import sys,os, subprocess
from Bio import AlignIO
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
cline = MuscleCommandline(input="c:\Python26\opuntia.fasta")
child= subprocess.Popen(str(cline),
                         stdout = subprocess.PIPE,
                         stderr=subprocess.PIPE,
                        shell=(sys.platform!="win32"))
align=AlignIO.read(child.stdout,"fasta")
outfile=open('c:\Python26\opuntia.phy','w')
AlignIO.write([align],outfile,'phylip')
outfile.close()

我总是会遇到这些问题

Traceback (most recent call last):
  File "<string>", line 244, in run_nodebug
  File "C:\Python26\muscleIO.py", line 11, in <module>
    align=AlignIO.read(child.stdout,"fasta")
  File "C:\Python26\Lib\site-packages\Bio\AlignIO\__init__.py", line 423, in read
    raise ValueError("No records found in handle")
ValueError: No records found in handle

Answer 1

1.54 Biopython今天被释放与Bio.Phylo模块的稳定版本。我已经更新了一个例子管道用于生成树木的文档。为了简单起见，该示例使用ClustalW比对序列和产生一个树，而不是肌肉和PHYLIP，但大部分的代码仍然是相同的或相似的。

http://biopython.org/wiki/Phylo#Example_pipeline

如果您已经生成的树PHYLIP（使用.phy对准作为输入），仍可以遵循一般Phylo例子。 PHYLIP创建Newick文件中包含 “outttree” 或 “foo.tree” 的名称。

（随时与布拉德的回答这个合并;我不能写在该线程评论还）

Answer 2

一对夫妇的事情给予的问题：

1. 你需要一个孩子。等()后子进程的呼叫所以，你的代码等到外部程序完成运行。

2. 肌肉实际上没有写信给stdout，尽管帮助的文档说是这样，至少有3.6个，我在这里。我认为，最新的是v3。8因此，这可能是固定的。

Biopython是告诉你，stdout你穿它是空的，这是错误你都看到的。试试运行命令行直接:

muscle -in opuntia.fasta

看看如果你看到FASTA输出。这里是一个版本，修复等问题，并使用中间输出的文件：

import sys,os, subprocess
from Bio import AlignIO
from Bio.Align.Applications import MuscleCommandline
out_file = "opuntia.aln"
cline = MuscleCommandline(input="opuntia.fasta", out=out_file)
child= subprocess.Popen(str(cline),
                         stdout = subprocess.PIPE,
                         stderr=subprocess.PIPE,
                        shell=(sys.platform!="win32"))
child.wait()
with open(out_file) as align_handle:
    align=AlignIO.read(align_handle,"fasta")
outfile=open('opuntia.phy','w')
AlignIO.write([align],outfile,'phylip')
outfile.close()
os.remove(out_file)

Answer 3

从 subproccess库的文档：

  

警告

     

使用通信（），而不是   .stdin.write，.stdout.read或   .stderr.read避免因死锁   任何其他OS管缓冲器的   填充和阻塞的孩子   过程

所以也许你可以尝试这样的：

mydata = child.communicate()[0]

Answer 4

您有一个未受保护的反斜线在输出文件名，这是从来没有好。

使用 'R' 来获得原始字符串，即r'c:\Python26\opuntia.phy'。